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ゲノム整列化チップによる染色体異常の検出と小児がん関連遺伝子の探索

使用基因组比对芯片检测染色体异常并寻找儿童癌症相关基因

基本信息

批准号：
14657184
负责人：
井田孔明
金额：
$ 1.98万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至 2004
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14657184/
关键词：
neuroblastoma 1p36欠失 API2 白血病癌抑制遺伝子 microarray BACコンティグ BAF60C P19INK4D DFF45 Gene Chip KIF1B gene PEX14 Charcot-Marie Tooth disease type2

项目摘要

我々はこれまでスクリーニングキットやBACとPACの染色体整列化法を開発し、ゲノム整列化チップの実用化をすすめてきた。今回は、小児がんの診断としての染色体異常の検出のためのチップ作製と、小児がん関連遺伝子の探索法を検討した。まず小児がん、遺伝病等の染色体異常、あるいは遺伝子発現の動的変化を細胞遺伝学的レベルで検索し、その構造変化を簡便、迅速に解明できるゲノム整列化チップについて検討した。小児白血病と固形腫瘍の、70株からゲノムDNAとmRNAを抽出し、標識して、検出感度を高めた特異性の高い診断マニュアル作成するために、1p36のバックコンティグより1Mbごとのマーカーを抽出し検討した。ついで、アフィメトリックス社のGene Chipを用いて、まず神経芽腫20株で発現プロファイルを検討して予測し、さらに新鮮腫瘍50例で検討したところ、clusteringにより予後良好群と不良群に分けられた。API2とP19INK4D遺伝子は予後良好群で高発現であり、BAF60C遺伝子は予後良好群で有意に低発現であった。さらに染色体1p35-36の整列化したBACの内D1S244領域の200個を用い、キアゲンカラムで精製したDNAを手動のアレイアーでスポットし、プローブとして正常細胞、D1S244に欠損を持つ神経芽腫細胞株(NB-1)を使用し、アフィメトリックス社のスキャナーで定量したところhomozygous deletionの領域がみいだされ、BAC上の遺伝子を5種同定した。現在白血病についてもGene Chipの検討を進め、これらの作整したチップとGene Chipの12,600遺伝子との相関についても検討を進め、小児がん関連遺伝子の探索とアレイチップの完成をめざしている。

We have developed and implemented the chromosome alignment method for BAC. This paper discusses the diagnosis and detection of chromosomal abnormalities in small children. Chromosome abnormalities such as small children, genetic diseases, etc., and changes in the development of genetic mutations, cell genetic changes, and structural changes are simple and rapid to explain. 70 strains of leukemia and leukemia were identified by DNA and mRNA extraction, identification, and detection with high specificity. The Gene Chip of the cell was used in 20 cases of neuroblastoma, and 50 cases of fresh tumor were detected in 50 cases of neuroblastoma. API2, P19INK4D, BAF 60C, and BAF 60C are good groups. 200 DNA fragments in D1S244 domain were sequenced and purified from chromosome 1p35-36. DNA fragments were extracted from normal cells and D1S244 cells with incomplete DNA deletion. BAC has 5 kinds of identical characters. Now leukemia gene chip detection and research progress, the whole process of gene chip 12,600 gene and related gene detection and research progress, small children and related gene detection and research progress, the completion of gene chip.