ゲノム整列化チップによる染色体異常の検出と小児がん関連遺伝子の探索

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我々はこれまでスクリーニングキットやBACとPACの染色体整列化法を開発し、ゲノム整列化チップの実用化をすすめてきた。今回は、小児がんの診断としての染色体異常の検出のためのチップ作製と、小児がん関連遺伝子の探索法を検討した。まず小児がん、遺伝病等の染色体異常、あるいは遺伝子発現の動的変化を細胞遺伝学的レベルで検索し、その構造変化を簡便、迅速に解明できるゲノム整列化チップについて検討した。小児白血病と固形腫瘍の、70株からゲノムDNAとmRNAを抽出し、標識して、検出感度を高めた特異性の高い診断マニュアル作成するために、1p36のバックコンティグより1Mbごとのマーカーを抽出し検討した。ついで、アフィメトリックス社のGene Chipを用いて、まず神経芽腫20株で発現プロファイルを検討して予測し、さらに新鮮腫瘍50例で検討したところ、clusteringにより予後良好群と不良群に分けられた。API2とP19INK4D遺伝子は予後良好群で高発現であり、BAF60C遺伝子は予後良好群で有意に低発現であった。さらに染色体1p35-36の整列化したBACの内D1S244領域の200個を用い、キアゲン カラムで精製したDNAを手動のアレイアーでスポットし、プローブとして正常細胞、D1S244に欠損を持つ神経芽腫細胞株(NB-1)を使用し、アフィメトリックス社のスキャナーで定量したところhomozygous deletionの領域がみいだされ、BAC上の遺伝子を5種同定した。現在白血病についてもGene Chipの検討を進め、これらの作整したチップとGene Chipの12,600遺伝子との相関についても検討を進め、小児がん関連遺伝子の探索とアレイチップの完成をめざしている。