ヒト病原性RNAウイルスのゲノム間協調がウイルス生存に果たす役割に関する研究

人类致病RNA病毒基因组间协调对病毒存活的作用研究

• 批准号: 15H06876
• 负责人: 白銀 勇太
• 金额: $ 1.91万
• 依托单位: National Institute of Infectious Diseases
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-08-28 至 2017-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15H06876/
• 关键词: 疑似種; 次世代シークエンサー; バリアント; 宿主デアミナーゼ

RNAウイルス疑似種集団内のバリアントを網羅的に解析するため、2005年から2013年にかけて仙台で分離されたヒトメタニューモウイルスの臨床分離株12株について、次世代シークエンサーを用いて解析した。各株培養上清を超遠心により濃縮し、ペレットからウイルスRNAを回収した。ライブラリはNEXT Ultra RNA prep kit（NEB）により調整し、解析にはMiSeqを用いた。その結果、全12株の遺伝型を同定し、そのうち11株の全長ゲノム配列を同定した。また、同定された塩基配列を基に系統解析を実施し、これまで報告のある日本分離株との系統関係を明らかにした。次にウイルス集団内のバリアント解析を実施し、10%以上集団内に含まれるアミノ酸バリアントを網羅的に検索した。その結果、複数のウイルス株でG遺伝子、SH遺伝子の順にバリアントの数が多い傾向を認めた。また、塩基レベルの解析では宿主デアミナーゼ酵素（APOBEC3G、ADARなど）の作用を示唆するデータが得られた。今回の研究成果により、ヒトメタニューモウイルス疑似種集団内に存在するバリアントの網羅的なリストが得られた。これはバリアント間の協調現象を機能的に解析していくための基礎データとして有用である。またヒトメタニューモウイルス疑似種集団はG遺伝子およびSH遺伝子領域に豊富にアミノ酸バリアントを含むことが明らかになった。特にG蛋白質はヒトメタニューモウイルスの抗原性にも関与するエンベロープ糖蛋白質であり、そのバリアントが集団内に存在することが抗原性の迅速な変化に寄与している可能性が示唆される。また、本来は抗ウイルス因子である宿主デアミナーゼがウイルスの進化に与える影響についても今後検討したい。

The analysis of RNA gene expression in the suspected species group was carried out from 2005 to 2013, and 12 clinical isolates were isolated from Sendai. The supernatant of each culture was concentrated and the RNA was recovered. The NEXT Ultra RNA prep kit (NEB) is used for tuning and analysis. The results showed that all 12 strains had the same genetic type, and all 11 strains had the same genetic type. In addition, a systematic analysis of the agreed base pairs was carried out, and the systematic relationship between the Japanese isolates reported in this report was clarified. In addition, the analysis of the number of cases in the group is carried out, and more than 10% of the cases in the group contain the number of cases in the group. The results show that there is a tendency to increase the number of genes in the sequence. The analysis of the protein and the base protein shows that the host enzyme (APOBEC3G, ADAR) functions well. The results of this study are as follows: 1. There is a large number of species in the suspected species group. The analysis of the coordination between the two phenomena is very useful. A group of suspected species has been identified in the field of genetic diversity. In particular, G protein is associated with the antigenicity of the protein and the presence of glycoproteins in the group, indicating the possibility of rapid change in antigenicity. The original resistance factor is the host, the evolution of the resistance factor and the influence of the resistance factor.