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Development of Causal Structure Mining Method for Large Scale Dimensional Data and Construction of Gene Function Knowledge Base

大规模维数据因果结构挖掘方法开发及基因功能知识库构建

基本信息

批准号：
19200013
负责人：
WASHIO Takashi
金额：
$ 24.63万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
财政年份：
2007
资助国家：
日本
起止时间：
2007 至 2009
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19200013/
关键词：
大規模次元因果推論データマイニング遺伝子機能知識ベースグラフマイニング遺子機能統計的因果推論独立成分分析遺伝子発現度測定データ大規模変数次元データ因果ネットワーク少数事例データ高速相関係数推定

项目摘要

Scientists attempt to figure out function of each gene through the analysis of causal relations between gene expressions by using measurement data of the many gene expression variables (large scale dimensional data). However, the analysis of causal relations between dozens or hundreds of variables is hardly performed manually. In spite of this problem, the number of variables to which the computer based causal analysis is applicable is limited to 20-30 in the state of the art. Accordingly, this work developed a novel principle of the statistical causal analysis, and furthermore constructed a knowledge base of the functional relations among expressed genes for the scientists by using our developed approach.

科学家们试图通过使用许多基因表达变量的测量数据（大规模维度数据）分析基因表达之间的因果关系来弄清楚每个基因的功能。然而，对几十个或几百个变量之间的因果关系的分析很难手动执行。尽管存在这个问题，但在现有技术中，基于计算机的因果分析可应用的变量的数量被限制在20-30个。因此，本工作开发了一种新的统计因果分析原理，并且通过使用我们开发的方法为科学家构建了表达基因之间的功能关系的知识库。

项目成果

期刊论文数量（78）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

グラフマイニングとその統計的モデリングへの応用

图挖掘及其在统计建模中的应用

DOI：
发表时间：
2006
期刊：
統計数理,特集「予測と発見」 Vol.54.No.2
影响因子：
0
作者：
鷲尾隆;樋口知之;井元清哉;玉田嘉紀;佐藤健,元田浩
通讯作者：
佐藤健,元田浩

Factor prediction in time series factor analysis, In New Trends in Psychometrics, Post Proceedings of IMPS2007 : the 15th International and 72nd Annual Meeting of the Psychometric Society

时间序列因子分析中的因子预测，心理测量学新趋势，IMPS2007 后论文集：心理测量学会第 15 届国际会议和第 72 届年会

DOI：
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
0
作者：
K. Takai;Y. Kano
通讯作者：
Y. Kano

Special Issue: Applications eligible for data mining, Advanced Engineering Informatics

特刊：符合数据挖掘条件的应用程序、高级工程信息学

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
0
作者：
Abd El Kader;T.;et al;酒徳哲;Takashi Washio
通讯作者：
Takashi Washio

Predicting differences in gene regulatory systems by state space models

通过状态空间模型预测基因调控系统的差异

DOI：
发表时间：
2008
期刊：
Genome Informatics 21:
影响因子：
0
作者：
R. Yamaguchi;S. Imoto;M. Yamauchi;M. Nagasaki;R. Yoshida;T. Shimamura;Y. Hatanaka;K. Ueno;T. Higuchi;N. Gotoh;S. Miyano
通讯作者：
S. Miyano

PSD推定の適用範囲拡大と精度向上手法の検討

扩大PSD估计的应用范围并考虑提高精度的方法