口腔前癌病変の悪性化に伴うエピジェネティックな変異と遺伝子情報調節の解明

阐明与口腔癌前病变恶变相关的表观遗传突变和基因信息调控

• 批准号: 21890061
• 负责人: 阿部 雅修
• 金额: $ 2.25万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21890061/
• 关键词: エピジェネティクス; 口腔癌; 口腔前癌病変

【ゲノム網羅的DNAメチル化探索】個別の症例の性質ではなく、複数の症例に関連したDNAメチル化の違いを同定するために口腔扁平上皮癌のDNA2サンプルについてゲノム網羅的なDNAメチル化検索を行った(Ushijima, T., Nat Rev, 2005)。口腔癌においては、ゲノム網羅的DNAメチル化解析の有力な手段である。ゲノム網羅的なDNAメチル化解析には細胞株を使用する方が感度が高いことが知られているため口腔扁平上皮癌細胞株2系統をJCRB細胞バンクより購入し解析に用いた。【ゲノム網羅的DNAメチル化探索により得られたメチル化CpGアイランド】口腔扁平上皮癌細胞株2系統でメチル化されていたCpGアイランドのフラグメントは約40,000個、そのうちプロモーター領域のものは1%程度であった。【ゲノム網羅的DNAメチル化探索により得られたフラグメントのメチル化状態の確認】ゲノム網羅的DNAメチル化探索により得られたフラグメントにおいて、口腔白板症粘膜上皮と口腔扁平上皮癌のDNAサンプル間で実際にメチル化の違いが存在するか否かを確認するためにMethylation-Specific PCR(MSP)法によるメチル化解析を行っている。MSP法ではメチル化DNA特異的プライマーおよび非メチル化DNA特異的プライマーを各々デザインした。メチル化解析に用いるDNAサンプルは制限酵素で断片化、Bisulfite(重亜硫酸ナトリウム)処理による塩基置換を行った後、精製し、解析に用いる。一回のBisulfite処理には、信頼できる結果を得るために各々最低500ngのDNAを用いた。今後、メチル化の違いが確認できたフラグメントに関してBisulfite-sequencing法を用いて各々のCpGサイトがどのようにメチル化されているか詳細に検討する予定である。

DNA analysis of squamous cell carcinoma of the oral cavity (Ushijima, T., Nat Rev, 2005)。Oral cancer is a powerful tool for DNA analysis. DNA analysis of the collected cells was used to determine the sensitivity of oral squamous cell carcinoma cell lines. The number of CpG receptors in oral squamous cell carcinoma cell line 2 is about 40,000, and the number of CpG receptors in oral squamous cell carcinoma cell line 2 is about 1%. [DNA mapping of the network is required to identify DNA mapping status] DNA mapping of the network is required to identify DNA mapping status of the network, DNA mapping of oral squamous cell carcinoma and mucosal epithelium is required to identify DNA mapping status of oral squamous cell carcinoma. Methylation-Specific PCR(MSP) is required to identify DNA mapping status of the network. The MSP method is used to determine whether the DNA is specific or not. DNA fragmentation, Bisulfite treatment, radical substitution, purification, and analysis are used in the analysis of DNA. A Bisulfite treatment results in a minimum of 500ng of DNA. In the future, the Bisulfite-sequencing method will be used to determine the CpG content of each group.