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DNAバーコーディング法による毒キノコ鑑別法の確立

DNA条形码法毒蘑菇鉴定方法的建立

基本信息

批准号：
21K21182
负责人：
園田修平
金额：
$ 1.33万
依托单位：
National Research Institute of Police Science
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-08-30 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K21182/
关键词：
DNAバーコーディング毒キノコ食中毒 taxonomic profiling ITS tef1a

项目摘要

本研究は、有毒キノコによる食中毒事案を想定し、試料から得られたDNA塩基配列によって中毒原因のキノコを推定する手法（DNAバーコーディング法）を検討するものである。令和4年度は、調理及び消化の影響を受けた試料に対する適用を検討した。先行研究において、調理時の高温及び消化時の低pHに曝された嘔吐物又は胃内容物は、そのDNAが断片化し、解析対象領域のPCRが困難になることが報告されている。そこで、本研究では、従来解析対象であったinternal transcribed spacer 1 (ITS1)領域より「短い」領域を新たな解析対象とすることで、DNA分解試料に対するPCR及び配列解析の成功率を向上させることを目指した。まず、新たな解析対象領域として、(1)真正担子菌綱に普遍的に存在し、 (2)種間変異に富み、(3)ITS1領域（200-300 bp）より短い遺伝子領域を検索したところ、translation elongation factor 1-alpha (tef1a)遺伝子のイントロンの一つ（約110 bp）が見出された。当該イントロンを標的としたPCRの可否を検討すべく、エリンギ・マイタケ・アミタケ・アラゲキクラゲ・チチタケ試料より抽出したDNAについてPCRを試みたところ、いずれも増幅が確認された。これらPCR産物の塩基配列を決定し、公共塩基配列データベース（Genbank）を対象として類似配列を検索したところ、対応する種に由来する配列がヒットした。さらに、DNA分解試料における当該イントロン及びITS1のPCR成否を比較すべく、エリンギを炒めた又は茹でた試料及びこれらを最大５時間模擬胃液で消化した試料についてPCRを試みたところ、５時間消化時点でITS１の増幅が確認されなくなった一方、当該イントロンは依然として増幅が確認された。

This study aims to identify the causes of food poisoning, and to explore the methods of DNA sequencing. The effects of temperature, conditioning and digestion were investigated. In the first study, high temperature during conditioning and low pH during digestion caused vomiting and stomach contents to fragment, and PCR in the target area was difficult to analyze. This study is aimed at analyzing the internal transcribed spacer 1 (ITS1) domain, the new domain, and the success rate of PCR and alignment analysis of DNA decomposition samples. (1) the universal existence of true basidiomycetes,(2) the abundance of interspecific diversity,(3) the detection of ITS1 domain (200-300 bp), the detection of short Chinese heritage subdomain, and the translation elongation factor 1-alpha (tef1a). When the target is detected, the PCR is detected. Genbank alignment of PCR products is determined, and common Genbank alignment is determined. When the DNA decomposition sample is digested, the PCR results of ITS1 and ITS1 are compared. When the DNA decomposition sample is digested, the PCR results of ITS1 and ITS1 are compared. When the DNA decomposition sample is digested, the PCR results of ITS1 and ITS1 are compared. When the DNA decomposition sample is digested, the PCR results of ITS1 and ITS1 are confirmed.