Towards generalized structure determination of in-cell NMR using the fully automated structure analysis

使用全自动结构分析实现细胞内 NMR 的广义结构测定

• 批准号: 22870026
• 负责人: IKEYA Teppei
• 金额: $ 2.01万
• 依托单位: Tokyo Metropolitan University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22870026/
• 关键词: in-cell NMR; 蛋白質; 自動構造解析; In-cell NMR; 立体構造計算; CYANA; 分子動力学計算; NMRデータ自動解析; FLYA; 構造計算

Investigating proteins "at work" in a living environment is a major goal of molecular biology. New NMR methodology has enabled the measurement of multi-dimensional NMR spectra of proteins in living cells. Compared to in vitro spectra of purified proteins in-cell NMR spectra typically show a significant number of background signals, low signal-noise ratio, and broadened signals that lead to a much higher assignment ambiguity, which makes it difficult and cumbersome to check all possibilities manually. In this project, we developed a fully automated structure determination algorithm, NOESY-FLYA method, and optimized it to the in-cell NMR data.

研究蛋白质在生活环境中的“工作”是分子生物学的一个主要目标。新的核磁共振方法学使得能够测量活细胞中蛋白质的多维核磁共振谱。与纯化蛋白质的体外光谱相比，细胞内NMR光谱通常显示大量的背景信号、低信噪比和加宽的信号，这导致高得多的分配模糊性，这使得手动检查所有可能性变得困难和繁琐。在这个项目中，我们开发了一个全自动的结构测定算法，NOESY-FLYA方法，并将其优化为细胞内NMR数据。

项目成果

NMR structure refinement by torsion angle moleculer dynamics simulation using a physical force field in CYANA

使用 CYANA 中的物理力场通过扭转角分子动力学模拟来细化 NMR 结构

• 发表时间: 2011
• 作者: Masaki Mishima;Yutaka Ito and Peter Guentert
• 通讯作者: Yutaka Ito and Peter Guentert

Automated protein structure determinations from minimal sets of spectra using FLYA

使用 FLYA 从最小光谱集自动确定蛋白质结构

• 发表时间: 2010
• 作者: 池谷鉄兵;Jee JunGoo;浜津順平;三島正規;伊藤隆;甲斐荘正恒;Peter Guntert
• 通讯作者: Peter Guntert

NMRを用いた蛋白質の立体構造解析における非線形サンプリングの有用性の検証

使用 NMR 验证非线性采样在蛋白质 3D 结构分析中的有用性

• 发表时间: 2010
• 作者: 大西香穂里,重光佳基,土江祐介;Daniel Nietlispach,三島正規,池谷鉄兵,伊藤隆
• 通讯作者: Daniel Nietlispach,三島正規,池谷鉄兵,伊藤隆

Nonlinear samplingと3D MaxEntを用いた迅速な4D NOESY測定の有用性の検証

使用非线性采样和 3D MaxEnt 验证快速 4D NOESY 测量的有用性

• 发表时间: 2010
• 作者: 重光佳基,池谷鉄兵,土江祐介,三島正規;Daniel Nietlispach;Markus Waelchli;Peter Guentert;Brian O. Smith,伊藤隆
• 通讯作者: Brian O. Smith,伊藤隆

Structural evolution of oligomerization domains within the p53 family

p53 家族内寡聚化结构域的结构进化

• 发表时间: 2010
• 作者: D. Coutandin;H. D. Ou;F. Lohr;T. Ikeya. J. Heering;G. Deutsch;T. Weber;P. Guntert;V. Dotsch
• 通讯作者: V. Dotsch