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海洋微生物光受容の全貌解明:大規模メタゲノムで描き出す海と光のSeascape

海洋微生物光受容の全貌解明:大規模メタゲノムで描き出す海と光のSeascape
阐明海洋微生物感光的全貌:利用大规模宏基因组描绘海洋和光的海景
批准号:
22H00557
负责人:
吉澤 晋
金额:
$26.12万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
财政年份:
2022
资助国家:
日本
项目状态:
未结题
起止时间:
2022-04-01 至 2027-03-31

项目摘要

项目成果

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本研究では、これまでに実施されたほぼ全ての海洋メタゲノムプロジェクトを集約・再アセンブル・再解析を行い、海洋微生物を全球レベルで比較可能なデータベースを構築する。構築したデータベースを用いて、海洋微生物の持つ光受容システム(ロドプシンや光合成に関連する遺伝子)の分布を網羅的に解析する。また、メタゲノム再構築ゲノム(MAG)から、各遺伝子を持つ生物種の特定を行い、上記解析結果と統合することで、海洋微生物の持つ光受容システムを全球レベルで可視化することを目指す。メタゲノムデータを用いて、個々の微生物ゲノム(MAG:Metagenome-Assembled Genome)を解読する手法の開発をおこない、開発した手法を用いて、公共データベースから入手可能な、様々な海洋環境に由来する大規模メタゲノムデータ(約29兆塩基対)の解析を行なった。その結果、59門にまたがる5万以上の原核生物ゲノムの解読に成功し、得られたゲノムの情報を整備して、約15,000ゲノムを収載する海洋微生物ゲノムデータベースMarDBを大幅に上回る、世界最大の海洋微生物ゲノムカタログ「OceanDNA MAGカタログ」として公開した。構築した世界最大の微生物ゲノムデータベースを用いることで、これまでにない解像度で機能遺伝子の分布および遺伝子を持つ分類群を調べることが可能になる。今後の研究では、データベースを用いて、微生物型ロドプシン、光合成関連遺伝子(pufM)の全球分布の解析を実施予定である。
期刊论文(7)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
DOI: 10.1073/pnas.2117433119
发表时间: 2022-03-01
期刊: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
影响因子: 11.1
作者: [Hosaka T, Nomura T, Kubo M, Nakane T, Fangjia L, Sekine SI, Ito T, Murayama K, Ihara K, Ehara H, Kashiwagi K, Katsura K, Akasaka R, Hisano T, Tanaka T, Tanaka R, Arima T, Yamashita A, Sugahara M, Naitow H, Matsuura Y, Yoshizawa S, Tono K, Owada S, Nureki O, Kimura-Someya T, Iwata S, Nango E, Shirouzu M]
通讯作者: Shirouzu M
「微生物ダークマター」を解き明かす ―世界最大の海洋微生物ゲノムカタログ―
解开“微生物暗物质”——世界上最大的海洋微生物基因组目录——
DOI: --
发表时间:
期刊:
影响因子: --
作者: []
通讯作者:
The OceanDNA MAG Catalog: an Unprecedented-scale Genome Resource of Marine Prokaryotes
OceanDNA MAG 目录:规模空前的海洋原核生物基因组资源
DOI: --
发表时间: 2022
期刊:
影响因子: --
作者: [Nishimura Yosuke, Yoshizawa Susumu, 和田茂樹, Yosuke Nishimura and Susumu Yoshizawa]
通讯作者: Yosuke Nishimura and Susumu Yoshizawa
Does proteorhodopsin have any antenna mechanism?
变形视紫红质有天线机制吗?
DOI: --
发表时间: 2022
期刊:
影响因子: --
作者: [Takayoshi Fujiwara, Masumi Hasegawa, Keiichi Inoue, Susumu Yoshizawa]
通讯作者: Susumu Yoshizawa
6
    気泡を活用した超音波治療を実現する高感度な超音波気泡イメージング手法の開発
    • 批准号:
      24K03295
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额:
      $11.65万
    • 财政年份:
      2024
    • 负责人:
      吉澤 晋
    • 依托单位:
    Development of a novel histotripsy method by continuous generation of cloud cavitation
    • 批准号:
      22K19889
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
    • 资助金额:
      $4.08万
    • 财政年份:
      2022
    • 负责人:
      吉澤 晋
    • 依托单位:
    酵素型ロドプシン:光でON-OFFする酵素が描く新しい微生物の生き様
    • 批准号:
      21K19134
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
    • 资助金额:
      $4.08万
    • 财政年份:
      2021
    • 负责人:
      吉澤 晋
    • 依托单位:
    集束超音波音場における微小気泡群のマルチ・スケール解析およびその医療応用
    • 批准号:
      07J08140
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额:
      $0.7万
    • 财政年份:
      2007
    • 负责人:
      吉澤 晋
    • 依托单位:
    海外基金