水田土壌中のヒ素動態に関与する微生物群集構造と機能遺伝子の解析

水稻土砷动态相关微生物群落结构及功能基因分析

• 批准号: 22K20587
• 负责人: 伊藤 虹児
• 金额: $ 1.83万
• 依托单位: National Agriculture and Food Research Organization
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-08-31 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K20587/
• 关键词: ヒ素; 水田; 土壌微生物学; メタトランスクリプトーム; 水田土壌

2種の水田土壌を湛水条件下で静置培養、あるいは好気的に振盪培養し、3日目の核酸を抽出した。RNA、DNAはそれぞれメタトランスクリプトーム解析に供した。シーケンス量は21.54 ~ 27.41 Gbだった。また、得られたリード数はメタトランスクリプトーム解析でおよそ１億4千万 から1億8千万リードだった。これらの生リードをSolexaQAによって前処理し、ターゲットとするヒ素代謝遺伝子(arxA, aioA, arrA, ttrA)をアセンブルするためにMegaGTA (Li et al, 2017) を使用した。対象とする遺伝子のうちarxA、aioA、arrAはDunivin et al. 2019で構築されたデータベースを用い、ttrAに関してはカスタムデータベースを用いた。その結果、静置培養した処理区ではいずれの土壌もarrAではなく、ttrAのコンティグがアセンブルされた。またこれらのコンティグは好気的に震盪培養した処理区からは全く検出されなかったことから、2種の土壌に於いてはこれまで広く研究されている異化的ヒ酸還元酵素遺伝子arrAではなく、新規にヒ酸還元酵素遺伝子として発見されたttrAが土壌溶液中ヒ素溶出に関与している可能性が示唆された。

2 under the condition of paddy field soil, static culture, good vibration culture, and 3-day nucleic acid extraction. RNA, DNA, please tell me how to analyze the information. I need to measure 21.54 ~ 27.41 Gb. You can tell me how many times I've been told. I don't know. I don't know what to do. Please tell me that you have to use SolexaQA (Li et al, 2017) MegaGTA (Li et al, 2017) to make sure that you don't know what to do. It's like arxA, aioA, arrA Dunivin et al. 2019. Please tell me if you want to use it. If you want to use it, ttrA will use it. The results are as follows: the results of the test, the location of the arrA, the results of the test, the results, the results and the results. This is the best way to make sure that there is a wide range of environmental protection products in the city, two kinds of soil materials are used in the study of maleic acid monosodium glutamate arrA ferment, and the possibility of solubilization in ttrA soil solution has been shown in this paper.