Search for novel biomarkers of primary vitreoretinal lymphoma by comprehensive genetic analysis

通过综合遗传分析寻找原发性玻璃体视网膜淋巴瘤的新生物标志物

• 批准号: 22K20785
• 负责人: 吉藤 康太
• 金额: $ 1.83万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-08-31 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K20785/
• 关键词: 原発性眼球内リンパ腫; 中枢神経浸潤; 網羅的遺伝子解析; 次世代シーケンサー

本研究の目的は、原発性眼球内リンパ腫(PVRL)の初発時硝子体検体を用いて次世代シーケンサーによる網羅的遺伝子解析を実施し、PVRLで反復して認められる遺伝子異常を明らかにし、新たなバイオマーカーを探索することである。また、PVRLで高頻度に認められ、予後不良に関係している中枢神経領域への進展に寄与する遺伝子異常を明らかにする。本年度は、まず2例のPVRL患者の初発時硝子体から抽出したDNA検体の全エクソンシーケンスを実施し、遺伝子変異解析およびコピー数解析の解析パイプラインを構築した。当初10例程度で全エクソンシーケンスを実施する予定であったが、硝子体から抽出できるDNA量が少ないため、以降の検体はターゲットシーケンスを実施する方針とした。2例の全エクソンシーケンスの遺伝子変異解析およびコピー数解析で認められた遺伝子異常(SNVs、InDels、CNVs)の結果や、全身性DLBCLや中枢神経系原発悪性リンパ腫の発症や進展に寄与していると報告される特定の遺伝子異常を抽出し、107遺伝子をカバーするカスタム遺伝子パネルを設計した。現在設計したカスタム遺伝子パネルを用いてターゲットシーケンスを実施している。すでに、約30例のPVRL患者の初発時硝子体から抽出したDNA検体のターゲットシーケンスを実施し、遺伝子変異解析およびコピー数解析を行った。そして、PVRLで高頻度に認められる遺伝子異常の同定に成功している。

这项研究的目的是在初始眼内淋巴瘤（PVRL）时使用玻璃标本的下一代测序仪进行全面的遗传分析，以揭示PVRL中反复的遗传异常，并搜索新的生物标志物。它还揭示了在PVRL中经常观察到的基因异常，并有助于中枢神经系统区域的发展，这与预后不良有关。今年，我们首先进行了从两名PVRL患者的初始玻璃体玻璃体中提取的DNA标本的完整外显子序列，并构建了分析管道进行基因突变分析和拷贝数分析。最初，所有外显子测序均计划在大约10例中，但是由于可以从玻璃体中提取的少量DNA，因此以下标本旨在受到靶序列。我们在基因突变分析和两种病例的副本分析中观察到遗传异常（SNV，INDELS，CNV）的结果，以及据报道的特定遗传异常有助于系统性DLBCL的发展和发展，并开发了中枢神经系统的原发性恶性淋巴瘤，并设计了一个定制基因覆盖107 Gunes cene 107 Genes的定制基因。使用我们设计的自定义基因面板进行目标测序。已经进行了大约30名PVRL患者的初始玻璃体中提取的DNA试样的靶序列，并进行了基因突变分析和拷贝数分析。此外，已成功鉴定出在PVRL中经常观察到的基因异常。