Search for novel biomarkers of primary vitreoretinal lymphoma by comprehensive genetic analysis

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本研究の目的は、原発性眼球内リンパ腫(PVRL)の初発時硝子体検体を用いて次世代シーケンサーによる網羅的遺伝子解析を実施し、PVRLで反復して認められる遺伝子異常を明らかにし、新たなバイオマーカーを探索することである。また、PVRLで高頻度に認められ、予後不良に関係している中枢神経領域への進展に寄与する遺伝子異常を明らかにする。本年度は、まず2例のPVRL患者の初発時硝子体から抽出したDNA検体の全エクソンシーケンスを実施し、遺伝子変異解析およびコピー数解析の解析パイプラインを構築した。当初10例程度で全エクソンシーケンスを実施する予定であったが、硝子体から抽出できるDNA量が少ないため、以降の検体はターゲットシーケンスを実施する方針とした。2例の全エクソンシーケンスの遺伝子変異解析およびコピー数解析で認められた遺伝子異常(SNVs、InDels、CNVs)の結果や、全身性DLBCLや中枢神経系原発悪性リンパ腫の発症や進展に寄与していると報告される特定の遺伝子異常を抽出し、107遺伝子をカバーするカスタム遺伝子パネルを設計した。現在設計したカスタム遺伝子パネルを用いてターゲットシーケンスを実施している。すでに、約30例のPVRL患者の初発時硝子体から抽出したDNA検体のターゲットシーケンスを実施し、遺伝子変異解析およびコピー数解析を行った。そして、PVRLで高頻度に認められる遺伝子異常の同定に成功している。