ターゲットキャプチャ―法によるウイルス同定法の開発と病原体サーベイランスへの活用

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本研究では、標的遺伝子に効率よくハイブリダイズし変異許容性の高いロングリードシークエンス（LRS）用のプローブ作製およびNanoporeシーケンサーに最適なライブラリ作製の条件検討を行い、臨床検体を用いた評価を行うことで、LRSを用いたターゲットキャプチャ―法による高感度かつ迅速な病原体同定法の開発および病原体サーベイランスへの活用を目指すことを目的としている。ショートリードシークエンス（SRS）を用いたターゲットキャプチャ法では標的遺伝子全長をカバーできるように約100bpの複数プローブを部分的に重ね合わせて設計するが、LRSをベースとした最適なプローブ条件は不明である。より高効率な結果取得のためには、LRSに最適なプローブ設計（プローブ長、標的遺伝子とプローブの重なり合う割合、投入プローブ数等）やライブラリ調製法の条件検討が必要である。2022年度は、SARS-CoV-2ゲノムに対して効率良くハイブリダイズし変異許容性の高いプローブの作製を検討した。具体的には、リファレンス株をベースに①1kbおよび2kb間隔ごとに設計したプローブ、②5'末端のnsp2遺伝子領域のみを標的に設計したプローブ、③ゲノム中央のnsp12領域のみを標的に設計したプローブ、④3'末端のN領域のみを標的に設計したプローブの4種類を作製した。また、変異許容性を確認するため、リファレンス株と主要変異株を含むマルチアライメントをベースに1kbおよび2kb間隔ごとに設計したプローブも作製した。