ターゲットキャプチャ―法によるウイルス同定法の開発と病原体サーベイランスへの活用

目标捕获法病毒识别方法的开发及其在病原监测中的应用

• 批准号: 22K21164
• 负责人: 久場 由真仁
• 金额: $ 1.83万
• 依托单位: National Institute of Infectious Diseases
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-08-31 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K21164/
• 关键词: 臨床検体; ウイルス同定; 次世代シーケンサー; ターゲットキャプチャ―法; ロングリードシークエンス; 次世代シークエンス; ターゲットキャプチャ; 病原体サーベイランス

本研究では、標的遺伝子に効率よくハイブリダイズし変異許容性の高いロングリードシークエンス（LRS）用のプローブ作製およびNanoporeシーケンサーに最適なライブラリ作製の条件検討を行い、臨床検体を用いた評価を行うことで、LRSを用いたターゲットキャプチャ―法による高感度かつ迅速な病原体同定法の開発および病原体サーベイランスへの活用を目指すことを目的としている。ショートリードシークエンス（SRS）を用いたターゲットキャプチャ法では標的遺伝子全長をカバーできるように約100bpの複数プローブを部分的に重ね合わせて設計するが、LRSをベースとした最適なプローブ条件は不明である。より高効率な結果取得のためには、LRSに最適なプローブ設計（プローブ長、標的遺伝子とプローブの重なり合う割合、投入プローブ数等）やライブラリ調製法の条件検討が必要である。2022年度は、SARS-CoV-2ゲノムに対して効率良くハイブリダイズし変異許容性の高いプローブの作製を検討した。具体的には、リファレンス株をベースに①1kbおよび2kb間隔ごとに設計したプローブ、②5'末端のnsp2遺伝子領域のみを標的に設計したプローブ、③ゲノム中央のnsp12領域のみを標的に設計したプローブ、④3'末端のN領域のみを標的に設計したプローブの4種類を作製した。また、変異許容性を確認するため、リファレンス株と主要変異株を含むマルチアライメントをベースに1kbおよび2kb間隔ごとに設計したプローブも作製した。

This study aims to investigate the optimal conditions for the development of the LRS and evaluate its clinical application. LRS is used for rapid identification of pathogens, development of pathogen identification methods, and use of pathogen identification methods. The total length of the target gene is about 100bp, and the optimal conditions for the design of SRS are unknown. It is necessary to discuss the conditions of the modulation method for obtaining high efficiency results and optimal design of LRS (length of LRS, number of inputs, etc.). In 2022, SARS-CoV-2 will continue to work on the production of high-quality products. The specific design of the plant is: (1) 1kb to 2 kb interval;(2) 5'terminal nsp2 sub-domain;(3) central nsp12 domain;(4) 3' terminal N domain; The difference between the two strains is confirmed by the difference between the two strains, and the difference between the two strains is confirmed by the difference between the two strains.