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大腸内視鏡の生検検体を用いたChIPSeq法の開発ーH3K27me3の網羅的解析

使用结肠镜活检标本开发 ChIPSeq 方法 - H3K27me3 的综合分析

基本信息

批准号：
23890168
负责人：
丸山玲緒
金额：
$ 2.08万
依托单位：
Sapporo Medical University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011-08-24 至 2013-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-23890168/
关键词：
大腸癌ヒストン修飾 H3K27me3 次世代シークエンサー ChIPSeq 内視鏡視鏡検体

项目摘要

まず初めに、大腸内視鏡の生検検体を用いてChIPSeqを行うための標準プロトコールを確立するべく、検体からの細胞分離の方法並びに次世代シークエンサー(SOLiD4)を用いたChIPSeq法のプロトコールの各段階を詳細に検討し、最適化を行った。検体からの細胞分離の方法としては、腺管分離法により直接上皮細胞成分のみを分離する方法を採用した。この改良したプロトコールを用いることで、微量な内視鏡生検検体、1x10^5個の細胞、1ng程度のChIP-DNAのサンプルからでもChIPSeq法を施行することが可能となり、十分に質の高い再現性のあるデータを得ることができた。次に実際に複数の内視鏡検体を用いてヒストン修飾K27me3に対するChIPSe像実験を施行した。バーコード技術を用いて一度に複数のChIPSeqサンプルをシークエンスすることにより、コストと時間を大幅に削減することができた。ほとんどのサンプルで質の高いデータを得ることができた。現在これらのChIPSeqデータをより詳細に解析中であり、今後更に検体数を増やしてヒストンH3K27me3に対するChIPSeqを施行し、果たしてこれが臨床的に有用な分子マーカーとなりうるかどうかの検証を行う予定である。本年度は、大腸内視鏡の生検検体を用いてChIPSeqを行うための標準プロトコールを確立することができた。本研究で確立されたプロトコールは、H3K27me3以外にも様々なヒストン修飾並びに転写因子に関して広汎に応用可能であり、大腸癌の臨床検体を用いた研究に大変有用なツールとなることが期待される。

ChIPSeq is used to establish the standard of cell separation and the next generation of cell separation methods for colorectal endoscopes. ChIPSeq is used to discuss and optimize the stages of cell separation in detail. Methods of cell isolation from tissue and glandular duct isolation methods of isolation from direct epithelial cell components were used. The improved ChIP-DNA assay can be performed using a microendoscopic assay with 1x10^5 cells and 1ng of ChIP-DNA. In the meantime, a number of endoscope models are used to modify the image of the ChIPSe K27 me3. The number of ChIPSeq users is reduced significantly.ほとんどのサンプルで质の高いデータを得ることができた。The number of ChIPSeq samples will be increased in the future, and the number of ChIPSeq samples will be increased in the future. This year, the use of ChIPSeq in the production of colonoscopes has been established. This study established the possibility of using the modified gene in colorectal cancer in clinical practice.