Establishment of the System for the Protein Data Bank Archiving in Japan

日本蛋白质数据库归档系统的建立

• 批准号: 10558109
• 负责人: KUSUNOKI Masami
• 金额: $ 3.2万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 1998
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1998 至 2000
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-10558109/
• 关键词: Data Bank; protein; database; crystal; x-rays; 構造生物学; NMR

The Protein Data Bank (PDB) is the sole international repository for three-dimensional structure data of biological macromolecules and is managed by the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB), USA.The RCSB is a consortium composed of Rutgers University, the National Instjtute of Standards and Technology, and the San Diego Supercomputer Center. PDB entries are deposited via WEB-based tools over the Internet at three sites, Rutgers University, European Bioinformatics Institute and Osaka University, in the world. The deposited PDB entries are annotated and processed at each site and are then combined at Rutgers University.The Institute for Protein Research, Osaka University, Japan started to serve as the deposition and processing center of PDB entries on July 1, 2000 for crystallographers and NMR spectroscopists in Asian and Oceanic regions. Since then, we have collected and processed a total of 1271 PDB entries as of February 26, 2003. We operate ADIT (http://pdbdep.protein.osaka-u.ac.jp/), a Web-based PDB input tool and the same one used by the RCSB. We have now four PDB annotators. The PDB activities at Osaka is now operated by the organization PDBj (The Protein Data Bank of Japan, http://pdbj.protein.osaka-u.ac.jp/).

蛋白质数据库（PDB）是唯一的国际生物大分子三维结构数据存储库，由美国结构生物信息学研究合作实验室（RCSB）管理。RCSB是一个由罗格斯大学、美国国家标准与技术研究所和圣地亚哥超级计算机中心组成的联盟。PDB条目通过基于web的工具在互联网上存放在三个站点，罗格斯大学，欧洲生物信息学研究所和大阪大学，在世界上。存放的PDB条目在每个站点进行注释和处理，然后在Rutgers大学进行组合。日本大阪大学蛋白质研究所于2000年7月1日开始为亚洲和大洋洲地区的晶体学家和核磁共振波谱学家提供PDB记录的沉积和处理中心。从那时起，截至2003年2月26日，我们共收集和处理了1271个PDB条目。我们使用ADIT (http://pdbdep.protein.osaka-u.ac.jp/)，这是一种基于web的PDB输入工具，也是RCSB使用的工具。我们现在有四个PDB注释器。大阪的蛋白质数据库活动现在由PDBj组织（日本蛋白质数据库，http://pdbj.protein.osaka-u.ac.jp/）运营。

项目成果

KUSUNOKI, Masami: "Deposition with the Protein Data Bank"Protein, Nucleic Acid and Enzyme (in Japanese). Vol.47. 736-739 (2002)

KUSUNOKI, Masami：“蛋白质数据库的沉积”蛋白质、核酸和酶（日语）。

楠木正巳: "生体高分子の立体構造データの利用技術"遺伝子医学. 6. 473-477 (2002)

Masami Kusunoki：“利用生物聚合物 3D 结构数据的技术”Genetic Medicine 6. 473-477 (2002)。

M.Otagiri,G.Kulisu,S.Ui Y.Takusagawa,M.Kuswnoki: "Crystal Structure of new-2,3-butanediol dehydrogenase in a Complex with NADI and inhibitor rescan to ethanal"Journal of Biochemistry. 129. 205-208 (2001)

M.Otagiri，G.Kulisu，S.Ui Y.Takusakawa，M.Kuswnoki：“与 NADI 和抑制剂重新扫描乙醛复合物中新 2,3-丁二醇脱氢酶的晶体结构”生物化学杂志。

楠木正巳: "プロテインデータバンクの現場から"蛋白質・核酸・酵素. 43. 898-902 (1998)

Masami Kusunoki：“来自蛋白质数据库领域”蛋白质、核酸、酶。 43. 898-902 (1998)

KUSUNOKI, Masami: "Acquisition of Structural Data of Biological Macromolecules : How to Utilize PDB"Protein, Nucleic Acid and Enzyme (in Japanese). Vol.46. 2003-2008 (2001)

KUSUNOKI, Masami：“生物大分子结构数据的获取：如何利用 PDB”蛋白质、核酸和酶（日语）。