Study on the mechanism of docking of small molecules to proteins by generalized-ensemble algorithms

广义集成算法研究小分子与蛋白质对接机制

• 批准号: 25247071
• 负责人: OKAMOTO Yuko
• 金额: $ 27.96万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 2013
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2013-04-01 至 2018-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-25247071/
• 关键词: 生体系; 蛋白質; 分子シミュレーション; 拡張アンサンブル法; 自由エネルギー計算; 量子効果; ドッキング; レプリカ交換傘サンプル法; レプリカ交換法; レプリカ交換溶質焼き戻し法; 創薬

项目成果

Two-Dimensional Replica-Exchange Method for Predicting Protein-Ligand Binding Structures

• DOI: 10.1002/jcc.23427
• 发表时间: 2013-11-15
• 期刊: JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY
• 影响因子: 3
• 作者: Kokubo, Hironori;Tanaka, Toshimasa;Okamoto, Yuko
• 通讯作者: Okamoto, Yuko

Prediction of ligand binding affinity by the combination of replica-exchange method and double-decoupling method

复制交换法和双解偶联法相结合预测配体结合亲和力

• DOI: 10.1021/ct500539u
• 发表时间: 2014
• 期刊: Journal of Chemical Theory and Computation
• 影响因子: 5.5
• 作者: Y. Okamoto;H. Kokubo;and T. Tanaka
• 通讯作者: and T. Tanaka

Efficient sampling methods for complex systems

复杂系统的高效采样方法

• 发表时间: 2015
• 作者: Martinez C. C.;K. Shiokawa;Y. Miyoshi;M. Ozaki;I. Schofield and M. Connors;Yuko OKAMOTO
• 通讯作者: Yuko OKAMOTO

Interactions among biological molecular assembly and among artificial molecular assebly and large-scale structural transformations

生物分子组装与人工分子组装之间的相互作用以及大规模结构转变

• 发表时间: 2015
• 作者: A. Kodama;Y. Sakuma;M. Imai;Y. Oya;T. Kawakatsu;N. Puff and M. Angelova;岡本祐幸
• 通讯作者: 岡本祐幸

Generalized-ensemble algorithms: enhanced conformational sampling methods

广义集成算法：增强的构象采样方法

• 发表时间: 2017
• 作者: 菅原正;鈴木健太郎;小林俊輝，松木賢一郎，生田力三，三木茂人，山下太郎，寺井弘高，山本俊，小芦雅斗，向井哲哉，井元信之;牛腸ヒロミ・佐々井啓・平田耕造・藤田雅夫・布施谷節子・増子富美・石原久代・長山芳子編 雙田珠己(共著);Yuko OKAMOTO
• 通讯作者: Yuko OKAMOTO