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The development of real-time transcriptome measurement

实时转录组测量的发展

基本信息

批准号：
22H02592
负责人：
城口克之
金额：
$ 10.98万
依托单位：
Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2026-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

発生や疾患など、時間変化する生命現象の理解において、各細胞の状態変化を経時計測することは重要である。近年、個々の細胞の状態をバイアスなく同定する方法として、１細胞網羅的遺伝子発現解析が世界で広く実施されている。一方で、この手法は細胞から全RNAを抽出する必要があり、経時計測は難しい。本研究では、状態が遷移する細胞を対象に、リアルタイム・非破壊的にその時の状態を同定する手法を開発している。これらにより、科学的に重要であり同時に社会的インパクトも高いEMT（細胞の状態遷移の一つ）の分子メカニズムを理解し、本技術の有効性を実証することを目的としている。本年度は、研究の解析に適した細胞種を検討するめ、複数の細胞種で状態を遷移させ、遷移する細胞の割合や遷移にかかる時間を調べた。選択した細胞種において、状態を計測するために基盤から細胞を剥がす技術を開発した。様々な条件を試したところ、安定して細胞を剥がすことができるようになった。開発した技術を用いて、状態を遷移している途中の細胞を数十個程度分取することができた。その後、分取した細胞の状態を決定するために、独自に開発した手法を用いて網羅的遺伝子発現解析を実施した。これにより、対象としている細胞種において、細胞の画像取得と網羅的遺伝子発現解析を同じ細胞に対して実施できることを示した。また、たくさんのデータを得た時に必要となる、機械学習に適したサーバーを構築した。このように、開発に向かって研究を推進している。

It is important to understand the phenomenon of life as it arises, to understand the phenomenon of life as time changes, and to measure the time of each cell's changing state. In recent years, the state of individual cells has been determined by the same method, and the remaining cells of 1 cells have been analyzed and analyzed in the world. It is necessary to extract the whole RNA of the cells using one method and one technique, and it is difficult to measure the time. This study is based on the same method as the state of the state, the migration of the cell, the state of the cell, and the state of the non-destructive state.これらにより、The importance of science and society インパクトも高いEMT (cell state transition) The understanding of the molecular structure of the transfer and the effectiveness of this technology are the same as the purpose of the technology. This year, the analysis of the research is suitable for the cell species, the state of the plurality of cells, the migration of the cells, and the migration of the cells. Select 択したcell seedにおいて, statusをmeasurementするためにbase plateからcellをpeelingがすtechnologyを开発した.様々なconditionsをtestしたところ、stable and stable cellsをpeelingがすことができるようになった. The technology used in the development of the technology is divided into dozens of levels, and the state is transferred and the cells are divided into dozens of degrees. After that, the status of the cells is determined by dividing the cells, and the method of opening the cells alone is analyzed by using the remaining net of the net.これにより、対肖としている Cell Seed において、Cell No. Image Acquisition Network Luo's posthumous work is now analyzed and analyzed.また、たくさんのデータをGetting the time and necessity となる、Mechanical learning にsuitable したサーバーをconstructing した.このように, 开発に to かって Research をしている.