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分子生態プロセス解析法を用いたミジンコ個体群の不安定化機構の解明

利用分子生态过程分析方法阐明水蚤种群的不稳定机制

基本信息

批准号：
22H02701
负责人：
加藤泰彦
金额：
$ 11.23万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2026-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H02701/
关键词：
ミジンコ臨界減速マイクロコズム生物学的プロセス

项目摘要

ミジンコはマイクロコズムを使うことで実験室内で個体群レベルの解析が可能であり、またゲノム情報の解読やゲノム操作技術も進展してきたことから、高次の現象をゲノムレベルでアプローチすることが可能となってきた。本研究では、ミジンコをモデルとして臨界減速現象とよばる個体群の回復が遅れる現象の背後にあるメカニズム、生物学的プロセスを解析することを目指してる。本年度は、本解析に用いるオオミジンコの遺伝子発現情報の整理と細胞解析法の開発を行なった。ミジンコの遺伝子発現情報の整理においては、ロングリード RNA-Seq (Iso-Seq) 解析により得られた遺伝子のアイソフォームを整理し、新規のアイソフォームを同定しただけでなく、各アイソフォームの発現レベル、個体の状態（雌雄差）によるアイソフォームの構造変化のカタログを作成した。その結果、遺伝子発現制御を司る転写因子等をコードする遺伝子において遺伝子発現レベルでは差がないアイソフォームの変化が生じることで、下流の遺伝子発現に影響を与えることを示唆する結果を得て、従来の遺伝子発現解析にアイソフォーム解析を加える重要性を明らかにした。細胞解析法の開発では、胚や成体から細胞を調製する方法を検討した。条件検討には、核移行型 GFP を発現する形質転換体、また赤色蛍光色素によるミトコンドリア染色を行うことで、各蛍光を指標として細胞の状態を評価した。安定に細胞を調製するためのプロトコールを作成した後、本プロトコールを用いて調製した細胞集団から各細胞をフローサイトメーターにより分離して解析するシステムも立ち上げた。

For example, if you want to make a decision, you can make a decision. If you want to make a decision, you can make a decision. This study is aimed at analyzing the phenomenon of critical deceleration and recovery of individual populations. This year, the organization and development of cell analysis methods for gene discovery in the middle of this analysis process were carried out. In the process of sorting out the information about the occurrence of the virus, the RNA-Seq (Iso-Seq) analysis is used to sort out the information about the occurrence of the virus, and the new information about the occurrence of the virus is used to determine the same information about the occurrence of the virus, and the structure of the virus is used to create the information about the occurrence of the virus. The results, gene generation control factors, etc., of the gene generation process are different from those of the downstream gene generation process. The influence of the downstream gene generation process on the results, gene generation analysis, and gene generation analysis are more important. The development of cell analysis method is discussed in this paper. Conditions for the development of nuclear transitional GFP, the development of red fluorescent pigments, and the evaluation of cell status After the establishment of the stable cell, the cell population was isolated and analyzed.