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Development of Theoretical Science Basis for Predicting Structural and Functional Changes Induced by RNA Modifications

预测 RNA 修饰引起的结构和功能变化的理论科学基础的发展

基本信息

批准号：
22H03686
负责人：
小関準
金额：
$ 11.15万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H03686/
关键词：
RNA修飾構造変化機能変化理論科学位相幾何学

项目摘要

生体内分子の『構造と機能』の間には非常に強い相関があるため、生体分子に修飾基が入ることで、自身の構造変化や結合分子との相互作用変化が誘導され、生体内機能が変化する可能性が報告されている。本年度は、位相幾何学を応用した構造解析手法の一つであるパーシステントホモロジーを用いて、分子修飾の有無のような小さな構造変化がもたらす分子間相互作用変化を介した大きな構造変化を抽出するためのプラットフォームを確立することができた。さらに、この大きな構造変化を構造全体に伝搬する水素結合変化も抽出することができた。この構造変化抽出手法プラットフォームの完成は、本研究の目的であるRNA修飾がもたらす分子間相互作用やタンパク質結合の違いを明らかにするための大きな１ステップが構築できたと考えている。現在、van der Waals相互作用を自動抽出し、その強弱を判定するための技術基盤の構築を進めており、その技術を完成させることができれば、分子間相互作用の強弱の変化も定性的に議論することを可能にすることができる。並行して研究協力者である藤田医科大学の常陸助教のタンパク質修飾の有無による表現型の違いを理論科学的に説明できるのかどうかを、作成した構造変化解析プラットフォームを用いて検証したところ、実験結果をサポートすることができる有効な構造変化を提唱していることが分かった。さらに、このタンパク質修飾と同様の効果を示すアミノ酸置換も理論科学的に検証することも可能であることが示された。

Molecular biomechanics in vivo are very important, biological molecular repair bases are introduced into the laboratory, self-made molecular interactions are combined with molecular interaction, and the possibility of biochemistry is reported. This year, phase analysis methods have been used to analyze the use of microphones, molecular repairs, and molecular repairs. the interaction between molecules has been introduced and analyzed. In order to improve the quality of the whole system, the combination of water and water is used to extract the water. The purpose of this study is to investigate the effect of RNA on the interaction between molecules. At present, the discussion of van der Waals interaction automatic extraction, the determination of the strength and weakness of the technology base, the completion of the technology, and the analysis of the strength and weakness of the intermolecular interaction may cause significant changes. The co-ordinator of research and research is a regular assistant professor at Fujita Medical University. There is a table of information about the science of science. The system is used to analyze the information and results of the study. You may have a problem with the science of the theory of acidity.