文法記述によるゲノム構造の表現方式

利用语法描述的基因组结构表达方法

• 批准号: 03266203
• 负责人: 小谷 善行
• 金额: $ 1.92万
• 依托单位: Tokyo University of Agriculture and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1991
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1991 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-03266203/
• 关键词: 文法推論; ゲノム構造; アラインメント; 記号処理; 構文解析

本研究の目的は、文法推論のパラダイムにより自動的にゲノム構造を獲得する方式を設計することである。最初の段階では、第一にゲノム向き文法の形式を決定する。これは文法規則の形や制限として表される。同時に、一つの文法が規定する記述対象(配列の集合、すなわちパタ-ン)をどのレベルとするのかを決める。第二にサンプル記述対象に対して、この形式により実際の文法規則を作成する。さらにサンプルデ-タに対してこの文法規則により構文解析し、対象パタ-ンの検出を行う。今年度は第一にこのゲノムに文法推論を行う枠組みの設計を行った。文法推論方式は、サンプル記号列の部分列を順次非終端記号に置き換えていく方法を取る置き換えるものとしては、(1)統計的に有意に出現する小記号列、(2)複数のサンプルに出現する長い記号列、(3)複数のサンプルにおける相違部分どうし、(4)文脈同値(類似)関係を持つ記号列どうし、(5)同一文脈の内側の記号列、を検討することにした。アルゴリズムの概略は、まずサンプル記号列の集合を与える。そのなかの記号列注の部分列を、上のどれかにしたがって選び出し、それを同一の非終端記号に置き換える。そうしてできる記号列の集合に同じことを繰り返し、部分列がなくなるまで繰り返す。第二に、上の(1)の置き換えによる構造抽出(文法推論)のシステムを試作した。これを数種の同一遺伝子に対して適用した。この場合、同一アミノ酸配列をマッチングさせた形と似たものとなる。すなわちアラインメントの基本的部分と一致する。現在はまだ行っていないが、同一パタ-ンがさまざまな所にある場合もすべて同一非終端記号に置き換えられているわけで、それらはすべて認識されている。さらに、今後(2)から(5)などの異なる方式による非終端記号決定メカニズムを実現し、その機能を評価する方法を検討している。

The purpose of this study is to design the way to obtain automatic grammar inference. The first paragraph level is determined by the syntax of the first paragraph. The grammar rules and the form of the restriction are not consistent. At the same time, the syntax of a description of the object (set of allocation, -), The second part describes how to create the syntax rules for the image and the form. The syntax rules for the text analysis, the syntax rules for the image analysis, and the syntax rules for the image analysis. This year, the first line of grammar inference is the first line of design. Syntax inference mode: (1) statistical intentional occurrence of small token trains;(2) plural occurrence of long token trains;(3) plural occurrence of contradictory parts;(4) contextualized (similar) relationship between token trains;(5) the same context of the inner symbol row, the discussion of the same context. A summary of the list, a list of symbols, and a list of symbols. The number of symbols listed in the column is equal to the number of symbols listed in the column. The number of symbols listed in the column is equal to the number of symbols listed in the column. The set of symbols is the same as the set of symbols. The second, the third and the fourth (1) are the structural extraction (grammatical inference). This is the case with several different types of genetic material. In this case, the same acid is arranged in the same way. The basic parts of the game are consistent. Now, if you want to know the same thing, you have to know the same thing. This paper discusses the method of non-terminal symbol determination, implementation and evaluation of functions in the following (2),(5) and (6) modes.

项目成果

小野 敬規: "アミノ酸配列の構造解析" 情報処理学会 第44回 全国大会 講演論文集. 1-351-352 (1992)

Takanori Ono：“氨基酸序列的结构分析”第 44 届日本信息处理学会全国会议论文集 1-351-352 (1992)。

野池 覧二: "曲の構造情報から表情付けを行う自動演奏" 情報処理学会 第44回 全国大会講演論文集. 1-403-404 (1992)

Ranji Noike：“根据歌曲的结构信息添加表达的自动表演”日本信息处理学会第 44 届全国会议论文集 1-403-404（1992 年）。

山口 昌也: "2言語の文法対応学習系の学習能力" 情報処理学会 第44回全国大会講演論文集. 3-41-42 (1992)

Masaya Yamaguchi：“双语语法对应学习系统的学习能力”日本信息处理学会第44届全国会议论文集3-41-42（1992）。