領域予測のための機械発見システムの研究

区域预测机器发现系统研究

基本信息

  • 批准号:
    09272219
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 1.47万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    1997
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    1997 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

本研究は,DNA配列データに対して,その中の遺伝子領域予測できるシステムを構築するための体系的な方式を研究し,実用的な領域予測システムを実働化することを目的とする.この目的を達成するために,我々は以下の項目に力点をおいて研究を展開した.(1)領域予測問題の抽象化と定式化.(2)領域予測アルゴリズムの開発.(3)上記アルゴリズムの理論的基礎.(4)計算機実験による上記アルゴリズムの評価.まず,文字列情報の中の特定の機能部位を同定する問題を,文字列の長さを保存する関数のクラスの学習問題として定式化した.そして,その関数の学習アルゴリズムとして,重み付き投票アルゴリズム(WM)を拡張したアルゴリズム(WM^*)を開発した.WMは,複数の予測アルゴリズムを統合して,よりよい精度で予測が行えることを指向するものであり,プールの中の各予測アルゴリズムに予測を投票させ,その投票結果によって全体的な判断を下すものである.我々の拡張によるWM^*は,おのおのの予測アルゴリズムが投票を棄権することを認めるものである.このことにより,直観的には,各予測アルゴリズムは自信のない予測については棄権によって発言権の低下を防ぐことができると期待される.実際に我々は,WM^*による予測の方がWMによる予測よりも原理的に優れていることを理論的に証明した.さらに,このWM^*を組み込んだ領域予測システムHAKKEのプロトタイプを作成し,DNA配列の中から遺伝子領域を予測する実験を行った.また,最も基本的な問題である,パターン照合問題に対して,テキストとパターンが両方とも直線的プログラムで記述されて与えらたときに高速にパターン照合を行うアルゴリズムの開発に成功した。
This study aims to study the ways of constructing the system of DNA sequence prediction in the gene domain, and to implement the system of DNA sequence prediction. To achieve this goal, we will focus on the following projects: (1)Abstraction and formalization of domain prediction problem. (2)Field prediction and development of the system. (3)The above is the theoretical basis for the development of the theory. (4)Computer implementation on the record lost a lot of comments. The problem of identifying specific functional parts in text string information, the problem of determining the number of learning problems related to the preservation of text string length, etc. In this case, the number of relevant learning failures is reduced to zero, and the number of voting failures (WM) is reduced to zero. In contrast, the number of prediction failures (WM) is reduced to zero, and the accuracy of the prediction is reduced to zero. In this case, the number of prediction failures is reduced to zero, and the voting results are reduced to zero. I'm sorry, but I'm sorry. I'm sorry. This is the first time that we've had a chance to predict the future. The theory of prediction is proved. In this case, the WM^* group is composed of a domain prediction system, a HAKKE selection system is created, and a DNA sequence is arranged in the domain prediction system. The most basic problem is the problem of alignment. The problem of alignment is described in a straight line. The problem of alignment is described in a straight line.

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
M.Miyazaki et al.: "An improved pattern matching algorithm for strings in terms of straight-line programs" Proc.8th CPM97,LNCS. 1264. 1-11 (1997)
M.Miyazaki 等人:“一种改进的直线程序字符串模式匹配算法”Proc.8th CPM97,LNCS。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
T.Kida et al.: "Multiple pattern matching in LZW compressed text" Proc.Data Compression Conference. (to appear). (1998)
T.Kida 等人:“LZW 压缩文本中的多重模式匹配”Proc.Data Compression Conference。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
M.Karpinski et al.: "An efficient pattern-matching algorithm for strings with short description" Nordic Journal of Computing. 4-2. 172-186 (1997)
M.Karpinski 等人:“一种针对具有简短描述的字符串的高效模式匹配算法”Nordic Journal ofComputing。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
林 洋祐,石坂裕毅,篠原 歩: "局面検索方式棋譜データーベースの開発" 平成9年度電気関係学会九州支部連合大会講演論文集. 222 (1997)
Yosuke Hayashi、Yuki Ishizaka、Ayumu Shinohara:“使用位置搜索方法开发游戏记录数据库”1997 年电气工程学会九州分会会议记录 222(1997)。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
K.Noda et al.: "Gene finding using HAKKE system" Genome Informatics 1997. 318-319 (1997)
K.Noda 等:“使用 HAKKE 系统进行基因发现” Genome Informatics 1997. 318-319 (1997)
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
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    0
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  • 通讯作者:
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  • 通讯作者:
    竹田 正幸
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  • DOI:
  • 发表时间:
    1991
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    S. Miyano;宮野 悟;A. Shinohara;篠原 歩;T. Shinohara;篠原 武
  • 通讯作者:
    篠原 武

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