複数のワークステーションを利用した並列処理によるホモロジーサーチの高速化

通过使用多个工作站的并行处理加速同源搜索

• 批准号: 07249204
• 负责人: 安永 照雄
• 金额: $ 0.64万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1995
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1995 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-07249204/
• 关键词: 遺伝子情報解析; ホモロジーサーチ; 並列処理; ネットワーク

遺伝子/蛋白質データベースは増大の一途をたどっており、この約1年でその容量が約2倍に増加した。これに伴ってホモロジーサーチに要する時間も1年前に比べ2倍かかるようになったことになる。データベースの容量はゲノムプロジェクトの進展とも相まってさらに急激に増大していくことは確実であり、高速なホモロジーサーチシステムの研究開発が今後ますます重要な課題となっている。このような観点から、大阪大学遺伝情報実験施設に導入しているワークステーション群を利用した並列処理によるホモロジーサーチの高速化を計画した。昨年度ホモロジーサーチプログラムfastaを並列処理するpfastaを開発し、本年度はその性能改善をはかるとともにグラフィカルユーザインターフェース(GUI)を充実させた。本並列処理pfastaの実装は、IRIS Challenge L(4CPU),Sun4/1000(4CPU)2台、Sun4/102台、Sun4/LX10台の計15台、24CPUを用いて行なっている。サーチの対象となるデータベースはPIRとSwissProtから作成したNR-AA、およびSwissProtのWeekly Updateデータである。pfastaの性能は本施設で最も速いIris Challenge Lを基準にすると長さ1000の検索配列で8.6倍、長さ500で7.4倍、長さ100で4.7倍であった。この値は昨年度は長さ1000で7倍だったので、性能がわずかではあるが向上した。これは最適化オプション指定でプログラムを再コンパイルしたことによる。また、本施設ではホモロジーサーチ等の利用頻度の高いアプリケーションをコンピュータネットワークを介して利用者が容易に利用できるようにホモロジーサーチ専用のghomおよび種々の解析をサポートする、WEBサーバー上に構築した、SeqEdの2種類のグラフイカルユーザインターフェース(GUI)を開発し利用者に提供しているが、ここで開発したpfastaもこれらのGUIから利用できるようにした。

Heritage 伝 child/protein デ ー タ ベ ー ス は raised large の way を た ど っ て お り, こ の is about 1 year で そ の capacity が に raised し requirement by about 2 times た. こ れ に with っ て ホ モ ロ ジ ー サ ー チ に to す る も 1 years ago に 2 times than べ か か る よ う に な っ た こ と に な る. デ ー タ ベ ー ス の capacity は ゲ ノ ム プ ロ ジ ェ ク ト の progress と も phase ま っ て さ ら に nasty shock に raised big し て い く こ と は indeed be で あ り, high-speed な ホ モ ロ ジ ー サ ー チ シ ス テ ム の research open 発 が future ま す ま す important topic な と な っ て い る. こ の よ う な 観 point か ら heritage, Osaka university 伝 intelligence be 験 facilities に import し て い る ワ ー ク ス テ ー シ ョ ン group of を し た parallel 処 Richard に よ る ホ モ ロ ジ ー サ ー チ high speed の を project し た. Yesterday's annual ホ モ ロ ジ ー サ ー チ プ ロ グ ラ ム fasta を parallel 処 Richard す る pfasta を open 発 し, this year's は そ の performance improvement を は か る と と も に グ ラ フ ィ カ ル ユ ー ザ イ ン タ ー フ ェ ー ス (GUI) を filling be さ せ た. This parallel processing of pfasta, IRIS Challenge L(4 cpus), 2 SUN4/1000 (4 cpus), 102 SUN4/1000, 10 Sun4/LX10, a total of 15 units, 24 cpus を use the を て line なって る る. サ ー チ の like と seaborne な る デ ー タ ベ ー ス は PIR と SwissProt か ら made し た NR - AA, お よ び SwissProt の Weekly Update デ ー タ で あ る. Pfasta の performance は this facilities で most も speed い Iris Challenge L を benchmark に す る と long さ 1000 の 検 cable with column で 8.6 times, long さ 500 で 7.4 times and 4.7 times 100 で さ で あ っ た. The <s:1> <s:1> value <e:1> of the previous year increased by さ1000で7 times だった で で, and the performance がわず で で あるが あるが あるが increased by た た. <s:1> れ プショ optimizations プショ プショ でプログラムを specifies でプログラムを then コ パ パ <s:1> た た た た とによる とによる. ま た, this set で は ホ モ ロ ジ ー サ ー チ の such as using high frequency の い ア プ リ ケ ー シ ョ ン を コ ン ピ ュ ー タ ネ ッ ト ワ ー ク を interface し て ik が に easily using で き る よ う に ホ モ ロ ジ ー サ ー チ 専 with の ghom お よ び kind 々 の parsing を サ ポ ー ト す る, WEB サ ー バ ー に on constructing し た, SeqEd の 2 kinds の グ ラ フ イ カ ル ユ ー ザ イ ン タ ー フ ェ ー ス (GUI) を open 発 し ik に provide し て い る が, こ こ で open 発 し た pfasta も こ れ ら の GUI か ら using で き る よ う に し た.

项目成果

T Yasunaga et al.: "Developing Sequence Analysis Tools on Web Server." Genome Informatics Workshop 1995,. 164-165 (1995)

T Yasunaga 等人：“在 Web 服务器上开发序列分析工具”。