ヒト科における染色体レベルでの大規模ゲノム再編成に関する研究

原始人类染色体水平大规模基因组重排研究

• 批准号: 14011213
• 负责人: 數藤 由美子
• 金额: $ 3.07万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14011213/
• 关键词: 霊長類; FISH法; ゲノム再編成; 核型進化

ヒトの種特異性や進化を探るうえで、類人猿のゲノムとの比較研究は重要な情報を与える。本研究では、従来の詳細な塩基配列レベルでの解析ではなく、巨視的な染色体レベルでのゲノム重複・欠失領域の探索を試みた。そのために、ヒトと大型類人猿であるチンパンジー、ボノボ、ゴリラ、オランウータン(新たな分類でいうヒト科)について、比較ゲノムハイブリダイゼーション(comparative genomic hybridization, CGH)法の改変と、霊長類各種のCot-1 DNAの作製に成功した。等量のヒト由来全DNAと類人猿由来全DNAを異なる蛍光色素[SpectrumGreen(緑色)とSpectrumRed(赤色)]で標議し、コンペティターとしてのそれぞれの種のリンパ球から作製したCot-1 DNAとともに混合し、それぞれの種の染色体標本にハイブリダイズし検出した。コンピュータ解析により、染色体の部位ごとに色素蛍光量の比をとり、ゲノムの増減を比較した。これにより、染色体領域の増幅・欠失などの大規模なゲノム変化を、異種間で比較・検索した。その結果、アフリカ産大型類人猿(チンパンジー、ボノボ、ゴリラ)の染色体末端や介在部に、ヒトとオランウータンには存在しない巨大な反復配列を見出した。さらにそのような反律配列領域以外にも、ヒト第10番染色体をはじめとする染色体特定領域の増幅を示唆する結果を得た。そこで、これら染色体領域に対応するヒトゲノム全塩基配列情報の解析をおこない、ヒト科における染色体レベルでの大規模なゲノム変化について調べた(論文投稿準備中)。並行して、ヒトの23対の染色体を識別するM-FISH法を大型類人猿に用いて、染色体上の再配列部位を特定した。さらに、この領域近傍に位置するチンパシジークローンをもとにマイクロアレーを作製する技術を確立した。これは、ヒトとチンパンジーの諸組織より得られたmRNAを用いた発現の種間比較解析に有用となる。

A comparative study of species-specific evolution of apes is important information. This study is an attempt to explore the detailed chromosome alignment and missing areas. Cot-1 DNA was successfully prepared by comparative genomic hybridization (CGH) method. The same amount of total DNA and ape-derived total DNA are different from each other in the pigment [SpectrumGreen(green) and SpectrumRed(red)]. The amount of pigment in the chromosome is determined by the number of chromosomes in the chromosome. The increase in chromosome size and size of the chromosome domain is due to large-scale chromosome transformation and heterogeneic comparison. As a result, the chromosome terminal pairs of great apes (such as apes) are located in the middle of the chromosome, and the chromosome terminal pairs are located in the middle of the chromosome terminal pairs. The results of the amplification of chromosome 10 outside the domain of reverse alignment were obtained. The analysis of the whole genome alignment information in the chromosome domain is carried out in the large-scale genome transformation in the chromosome domain (paper preparation). M-FISH for identification of 23 pairs of chromosomes in great apes The location of this site is very close to home. The expression of mRNA in different tissues was detected and analyzed by interspecific comparison.

项目成果

Osada, N.(他): "Cynomolgus monkey testicular cDNA library for discovery of novel human cDNAs in the human genome sequence"BMC Genomics. 3. 36-47 (2002)

Osada, N.（等人）：“用于在人类基因组序列中发现新型人类 cDNA 的食蟹猴睾丸 cDNA 文库”BMC Genomics 3. 36-47 (2002)。

Sakate, R.(他): "Analysis of 5'-end sequences of chimpanzee cDNAs"Genome Research. (印刷中). (2003)

Sakate, R.（等人）：“黑猩猩 cDNA 的 5 端序列分析”基因组研究（2003 年出版）。