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ゲノム・プロテオームデータベースの連携による高次生物知識発見に関する研究

连接基因组和蛋白质组数据库发现高阶生物知识的研究

基本信息

批准号：
14015238
负责人：
高橋勝利
金额：
$ 3.33万
依托单位：
National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

ゲノム塩基配列データベース、mRNA発現データベース及びプロテオームデータベースを相互に連携し、各データベースに含まれる情報の相互補完・対応づけを行ったうえで、高次の生物知識を発見することを目的とし、1.ゲノム塩基配列データベースと質量分析技術を利用したタンパク質同定を含むプロテオーム解析を総合的に支援するコンピュータシステムの開発及びプロテオーム関連データの蓄積2.mRNA発現パターンとタンパク質発現パターンとの相互比較による生物知識発見を目標として研究を実施した。研究成果1.簡単にエンドユーザーが、自分の持つタンパク質二次元電気泳動像を登録し、電気泳動パターンの自動解析を行いことができるようにPiKA2システムのGUIを改良した。また、質量分析によってタンパク質スポットの同定を支援するシステムの構築を開始した。2.PCクラスターシステムを構築し、大量の二次元電気泳動像データの解析を高速に行えるように、PiKA2システムの解析プログラムを並列化した。3.パブリックに公開されているmRNA発現データベース、プロテオームデータベースの調査を行い、プロテオームデータベースに登録されているのと類似条件でのmRNA発現パターンがどの程度利用可能かを調査した。

ゲノム塩婩组データベース, ゲノ娡成データベース and びプロテオームデータベースを Mutual cooperation, each company has a relationshipるInformationのComplete each other・対応づけを行ったうえで、High times no biological knowledgeを発见することをpurposeとし, 1.ゲノム塩组array データベースとquality Analytical technology utilizes the same quality analysis technology合的にsupports するコンピュータシステムの开発 and びプロテオームrelatedデータの Accumulation 2.mRNA発现パターンとタンパク性発现パターンとの mutual comparison による biological knowledge 発见を target として research を実士した. Research results 1. Simple じにエンドユーザーが, self-divided holding つタンパク massive two-dimensional electrophoretic image を login し, electricity気 Swimming パターンのAutomatic Analysis を行いことができるようにPiKA2システムのGUIをImprovementした.また、Quality Analysisによってンパクqualityスポットの同定をsupportするシステムのconstructをStartした. 2. PC クラスターシステムをConstruction, analysis of a large number of two-dimensional electrophoretic images データのHIGH SPEED TRAILING, PIKA2 SYSTEM ANALYSIS PARALLELIZATION. 3. Published パブリックにされているmRNA発成データベース、プロテオームデータベースのinvestigationを行い、プロテオームデータベースに登录されているのとsimilar conditionsでのmRNA発appearsパターンがどの Degree of utilization possibleかをinvestigationした.