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大規模分散データの真に透過で効率的な共有を実現する分散共有配列システムの開発

开发分布式共享阵列系统，实现大规模分布式数据真正透明高效共享

基本信息

批准号：
16016226
负责人：
清水謙多郎
金额：
$ 4.29万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至 2005
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、分散メモリ型システムを用いて巨大なメモリ領域を利用することができる、共有メモリプログラミングモデルにもとづく新しい並列プログラミング環境DSA(Distributed Shared Array)を開発する。DSAは、分散システムの上に、巨大なメモリ領域を仮想的に構築する。データの実体は、それぞれの計算機のメモリやディスクに分散して置かれるが、すべての計算機が、こうした物理的なデータの分散を意識しないで、グローバルなメモリ領域を共有できるようにすることにより、並列計算を行うプログラムの開発を容易にする。1台の計算機のメモリやディスクに格納しきれない巨大なデータも、この仮想的なメモリに置いて複数の計算機から共通に操作することができる。科学技術計算でよく用いられるベクトルや行列をこの巨大なメモリに格納して操作することにより、巨大なベクトルや行列を扱うプログラムも、分散システムの上でこれまでより簡単に開発できるようになり、しかも高速に実行できるようになる。データの実体は分散していても、利用者には、複数の計算機間で共有できるグローバルな配列が存在しているように見える。このような配列を「分散共有配列(DSA)」と呼んでいる。本研究では、DSAを、遺伝子クラスタリング、配列のマルチプルアラインメント、分子動力学計算など、生命情報科学の実際のアプリケーションに対して適用し、クラスタ型計算機上で性能評価を行い、分散するデータを効率的に操作・管理できること、MPIのプログラムと比較して、ノード数が増大してもスケーラブルな性能が得られることを確認し、本システムの有効性を実証した。その結果、数十台規模のクラスタシステムにおいて、高いスケーラビリティを実現した。

In this study, we developed a Distributed shared array (DSA) environment for the development of distributed Shared arrays (DSAs). DSA is a decentralized system, a huge system, and a powerful system. The real world of computers is divided into two parts: distributed, distributed and distributed. The real world of computers is divided into two parts: distributed, distributed and distributed. A computer can operate in common with multiple computers. Scientific and technological computing is used to simplify the development of computers and to run them at high speeds. The data is distributed, the user is distributed, and the multiple computers are shared. "Distributed Shared Arrangement (DSA)" is called "Distributed Shared Arrangement (DSA)." This study focuses on DSA, genetic analysis, alignment, molecular dynamics calculation, application of life information science, performance evaluation, decentralized performance management, MPI comparison, etc. The number of users increased and the performance of the system was confirmed. As a result, dozens of large-scale projects have been completed.

项目成果

期刊论文数量（14）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Identification of GPI-(like)-anchored Proteins by using SVM

使用 SVM 鉴定 GPI（样）锚定蛋白

DOI：
发表时间：
2006
期刊：
Symposium of Data Ming and Computations in Statistics
影响因子：
0
作者：
鬼頭朋見;上田完次;上田完次編著;曹巍
通讯作者：
曹巍

Improvement of accuracy of free-energy landscapes of peptides calculated with generalized Born model by using numerical solutions of Poisson's equation

使用泊松方程的数值解提高广义玻恩模型计算的肽自由能图的准确性

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
Chemical Physics Letters 393
影响因子：
0
作者：
Sakai;H. et al.;Daiyasu H. et al.;Ichihara H. et al.;Standley D. et al.;Toh H.et al.;石塚隆記
通讯作者：
石塚隆記

Distributed shared arrays : Portable shared-memory programming interface for multiple computer systems

分布式共享数组：用于多个计算机系统的便携式共享内存编程接口

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
Cluster computing, The Journal of Networks, Software Tools and Applications 7,1
影响因子：
0
作者：
Sakai;H. et al.;Daiyasu H. et al.;Ichihara H. et al.;Standley D. et al.;Toh H.et al.;石塚隆記;野本享
通讯作者：
野本享

A fast protein-protein docking algorithm using series expansion in terms of spherical basis functions

一种使用球基函数级数展开的快速蛋白质-蛋白质对接算法