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分子認識における蛋白質のエネルギー地形階層性と水和構造変化の役割

蛋白质能量拓扑层次和水合结构变化在分子识别中的作用

基本信息

批准号：
16041208
负责人：
北尾彰朗
金额：
$ 9.73万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至 2005
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16041208/
关键词：
分子認識蛋白質水和構造エネルギー地形階層性

项目摘要

本研究では、昨年度に引き続き「段階的分子認識モデル」が既に示されているアルコール脱水素酵素等を主なターゲットとして以下の3つのことを明らかにすることを目指している。すなわち、(1)分子認識過程のシミュレーション、(2)分子認識過程におけるエネルギー地形の変化、(3)分子認識における水和構造変化の役割、である。本年度は昨年度に引き続き(1)(2)の解明をまず重点に研究をおこなった。「開」構造で結合ドメインにリガンドが結合した状態(結合中間状態)をシミュレーションの初期構造としてモデリングし、分子動力学シミュレーションを行い、リガンドが存在することによって開閉ドメインが移動し「閉」構造が出現する過程をシミュレートした。このシミュレーションの詳しい解析により、2量体で機能するアルコール脱水素酵素はドメインの動きに相関が見られることが明らかになった。これは一種のアロステリックが効果と考えられる。この成果は現在投稿中である(Hayward and Kitao)。(3)に関しては、これらのドメイン運動と水和構造変化の関係を明らかにするため解析を進行中である。また、分子シミュレーションを用いて、構造ゆらぎのパターンと非干渉性中性子非弾性散乱実験データの関係を解析し、論文に発表した(Joti, Kitao, Go, J.Am.Chem.Soc, 2005)。これにより150K以下の低温で観測されるボゾンピークの起源は水和によるエネルギー面の微細構造であることを明らかにし、機能と密接に関与しているといわれているガラス転移との関係も示した

This study was conducted in the past year to introduce the "molecular understanding of the stage", which shows that the main factors such as vitamin C dehydrase are the following three factors: (1) Molecular cognition process,(2) Molecular cognition process,(3) Molecular cognition process,(4) Molecular cognition process,(5) Molecular cognition process,(6) Molecular cognition process,(7) Molecular cognition process,(8) Molecular cognition process,(9) Molecular cognition process,(9) Molecular cognition process,(10) Molecular cognition process,(11) Molecular cognition process,(12) Molecular cognition process,(13) Molecular cognition process,(14) Molecular cognition process,(15) Molecular cognition process,(16) Molecular cognition process,(17) Molecular cognition process,(18) Molecular cognition process,(19) Molecular cognition process,(10) Molecular cognition process,(19) Molecular cognition process,(10) Molecular cognition process,(10) This year's annual report is based on (1)(2) and (3). "Open" structure is combined with "open" structure,"open" structure is combined with "open" structure,"close" structure,"close" structure The detailed analysis of the protein and the function of the 2-dimensional protein and the activity of the enzyme are discussed. A kind of " The results are now submitted in (Hayward and Kitao). (3)The relationship between water movement and tectonic transformation is in progress. An analysis of the relationship between molecular structure and non-coherent neutral structure is presented in this paper (Joti, Kitao, Go, J. Am. Chem. Soc, 2005). The low temperature of 150K and below, the origin of the water and the fine structure of the surface, the function and the close connection, the relationship between the water and the surface, and the relationship between the water and the surface.

项目成果

期刊论文数量（13）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

蛋白質の立体構造ダイナミクスと中性子散乱

蛋白质构象动力学和中子散射

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
日本中性子科学会誌「波紋」 14
影响因子：
0
作者：
T.Chatake;A.Ostermann;K.Kurihara;F.G.Parak;N.Mizuno;G.Voordouw;Y.Higuchi;I.Tanaka;N.Niimura;城地保昌
通讯作者：
城地保昌

Protein Boson Peak Originated from Hydration-Related Multiple Minima Energy Landscape

蛋白质玻色子峰源自水合相关的多重最低能量景观