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構造ゲノム情報からの蛋白質のやわらかさと機能の関係を探る

从结构基因组信息探索蛋白质柔软度与功能之间的关系

基本信息

批准号：
12208027
负责人：
北尾彰朗
金额：
--
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12208027/
关键词：
蛋白質ゆらぎパターンダイナミックドメインイムノグロブリン CD2 TCR CDR

项目摘要

蛋白質の立体構造のパターンは数千程度と予想されている。これから類推すると蛋白質機能のパターンも同程度のオーダーであると考えるのが妥当であろう。蛋白質の機能のメカニズムを理解するためには、蛋白質の立体構造を静的にとらえるのでは不十分であり、動的立体構造すなわちゆらぎが重要である。蛋白質の機能メカニズムのパターンを系統的に調べるために、ゆらぎのパターンを調べることが必要となってくる。将来的にはすべてのゆらぎのパターンを調べることが重要であるが、本研究ではまず免疫系の蛋白質の多くに含まれているイムノグロブリンドメインに注目することにした。ひとつの蛋白質のゆらぎのパターンにおいても、局所的なものからドメインのゆらぎまで様々なレベルのものがあるが、ここでは(1)いわゆるドメインのゆらぎ、(2)実際に観測されるのゆらぎや構造変化(複数の結晶構造や分子シミュレーションから得られるもの)から定義されるリジッドな構造単位(いわゆるダイナミックドメイン)のゆらぎ、(3)活性部位などの局所的なゆらぎなどに大別してとらえることにする。これまで得られた結果は次のようなものである。CD2分子のように1つのイムノグロブリンドメインで他の分子と結合する場合には、実際に分子と結合する部位のある程度局所的だが協奏的に10〜3残基がゆらぐパターンが見られる。これらの部位はいわゆるCDR(Complementary Determining Region)と呼ばれる部位で、(2)や(3)にあたるこれらの部位がゆらぎのパターンをもっていることが明らかになった。TCR(T Cell Receptor)のように2つのイムノグロブリンドメインが結合に関わる場合には、(1)にあたるドメイン間のゆらぎのパターンが見受けられた。(1)(2)(3)のレベルのゆらぎのパターンはそれぞれ機能的に重要であると考えられる。今後これらのパターンを更に探索範囲を広げて見ていく必要があると考えられる。

The three-dimensional structure of proteins is expected to change to thousands of degrees. The protein function is different from the protein function. The function of protein is understood in terms of its three-dimensional structure, which is static and dynamic. The function of protein is to regulate the system of protein. In the future, the protein content of the immune system is important. (1) The quality of the protein is the same as the quality of the protein, and the quality of the protein is the same as the quality of the protein.(2) In practice, the structural transformation (plural crystal structure, molecular structure, etc.) is measured and defined.(3) The structural unit (middle structure, molecular structure, etc.) is measured. The result of this is that it is impossible to find a solution. CD2 molecule is composed of residues 10 ~ 3, which are bound to other molecules in some cases and in some cases to other molecules in some cases. CDRs (Complementary Determining Region) are used to determine the position of a member. TCR(T Cell Receptor) is a receptor that can be used to detect the presence of TCR (T Cell Receptor). (1)(2)(3) The important thing about the function is that it is not necessary to change it. In the future, it will be necessary to explore the scope of this issue in a broad and comprehensive manner.