Development of simulation methods for biological supramolecular structure and function analyses

生物超分子结构和功能分析模拟方法的发展

• 批准号: 16087202
• 负责人: KITAO Akio
• 金额: $ 51.9万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16087202/
• 关键词: シミュレーション; ナノバイオ; 分子機械; 生体超分子; 生物物理

We have developed the methods and simulation systems in which functional process of biological supramolecules is observed in silico in high resolution by using molecular simulations. We have also developed the methods to construct the structure and refine it to be energetically more stable one. In addition, we have designed the simulation methods to investigate functional mechanism more efficiently.

我们开发了利用分子模拟以高分辨率通过计算机观察生物超分子功能过程的方法和模拟系统。我们还开发了构建结构的方法，并将其改进为能量更稳定的结构。此外，我们设计了模拟方法，以更有效地研究功能机制。

项目成果

Switch interactions control energy frustration and multiple flagellar filament structures.

开关相互作用控制能量挫败和多个鞭毛丝结构。

• 发表时间: 2006
• 期刊: Proc. Nat'l. Acad. Sci. U.S.A. 103
• 作者: *Kitao;A.;Yonekura;K.;Maki-Yonekura;S.;Samatey;F.A.;Imada;K.;Namba;K.;Go;N.
• 通讯作者: N.

Molecular simulation study to examine the possibility of detecting protein conformational motions by coherent neutron scattering

分子模拟研究探讨通过相干中子散射检测蛋白质构象运动的可能性

• 发表时间: 2008
• 作者: Y. Joti;A. Kitao
• 通讯作者: A. Kitao

生体超分子のユニバーサルジョイント-in silicoで探る細菌べん毛フックのメカニズム

生物超分子万向节——计算机模拟探究细菌鞭毛钩机制

• 发表时间: 2005
• 期刊: 蛋白質核酸酵素 50(10)
• 作者: 北尾彰朗;Fadel A. Samatey;松波秀行;今田勝巳;難波啓一
• 通讯作者: 難波啓一

Collective Dynamics of Periplasmic Glutamine Binding Protein upon Domain Closure

• DOI: 10.1016/j.bpj.2009.08.019
• 发表时间: 2009-11-04
• 期刊: BIOPHYSICAL JOURNAL
• 影响因子: 3.4
• 作者: Loeffler, Hannes H.;Kitao, Akio
• 通讯作者: Kitao, Akio

細菌べん毛モーター固定子複合体MotA/MotBの分子モデリング

细菌鞭毛运动定子复合物 MotA/MotB 的分子建模

• 发表时间: 2010
• 作者: Hitomi Takahashi;et al.;北尾彰朗;西原泰孝
• 通讯作者: 西原泰孝