パスウェイ知識表現における矛盾検証の理論的解析と技術開発

路径知识表示矛盾验证的理论分析与技术进展

• 批准号: 18016032
• 负责人: 福田 賢一郎
• 金额: $ 3.78万
• 依托单位: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18016032/
• 关键词: 情報システム; シグナル伝達; バイオテクノロジー

疾病や生物プロセスなど,生命現象のメカニズムを対象とした知識処理では,論文やデータベースのコメント欄に自然言語で記述された知識の電子化手法が従来の課題であった。そのため遺伝子機能を記述するためのオントロジーや,論文から該当知識を抽出するテキストマイニングなどの自然言語処理技術の研究開発が世界的に進められてきた。また,生命現象の分子メカニズムを記述するパスウェイデータベースについては,オントロジーで詳細に意味を定義したデータフォーマットを標準化させようという国際的な取り組みがすすんでいる。これらの成果により,近い将来,専門家によってキュレートされた知識自然言語処理システムが自動抽出した知識,そして様々な実験技術から導出された知識というように精度も性質も異なる情報が共通のプラットホーム上で入手可能になる事が期待される。このような状況を見据えて,今後は互いに整合性を持っていると保障されていない異なる出自のデータを対象とした知識処理技術の開発が必要となる。そこで本研究ではパスウェイデータの矛盾検出に関する知識表現の基礎研究を展開し,本年度は主として以下の成果を得ることができた。1)イベント知識ベース構築の為の形式オントロジーの開発。2)BioPAX オントロジーで記述されたデータをバックエンドデータベースに格納する為の検索ライブラリpaxtoolsの開発。3)INOHデータのBioPAXフォーマットでのリリース。1)はイベント表現を蓄積する知識ベースの基盤となる上位オントロジーである。パスウェイは様々な要素が多様な関係性をもちながら細胞機能という現象を引き起こす分子メカニズムであるが,この現象の表現を一般化したものがイベントである。

Disease is a biological disease, life phenomenon is a disease, knowledge processing is a disease, a thesis is a diseaseタベースのコメントColumn にNatural language でDescription された Knowledge のElectronic technique が従来のであった.そのため缝子functionを记事するためのオントロジーや, thesis からRequired knowledge をdraw out するThe research on natural speech processing technology by Takumi Takumi has opened up the world of Takumi.また, molecular phenomena of life, するパスウェイデータベースについては, オントロジーでDetails Fine means をDefinition したデータフォーマットを Standardization させようというInternational なtakeり集团みがすすんでいる.これらの成により, near future, exclusive family によってキュレートされたknowledge natural language processing システムがautomatically extracts したknowledge, そして様々な実験技术からDeductionされたknowledgeというようにPrecisionも propertiesもdifferentなる情It is possible to get the common news and look forward to it. The current situation is based on the evidence, and the integration of the future is maintained and ensured. Nana is produced by Nokai Nana Necessary of Knowledge Processing Technology.そこでThis study is based on the knowledge expression of the contradiction 検出Basic research has been carried out, and the following achievements have been obtained this year. 1) イベントknowledge ベースconstruct the form オントロジーの开発. 2)BioPAXオントロジーでnarrativeされたデータをバックエンドデータベースに格纳する为の検SOライブラリpaxtoolsの开発. 3) INOH データのBioPAX フォーマットでのリリース. 1) The performance of the はイベント を accumulates the knowledge ベースのbase plate となる the upper オントロジーである.パスウェイは様々なelementsが多様なrelationalをもちながらcell functionというphenomenonをcauseきこすmolecule メカニズムであるが, このphenomenonのexpressionをgeneralization したものがイベントである.

项目成果

Paxtools Level2 persistency layer

Paxtools Level2 持久层

An Upper Ontology for Event Classifications and Relations

• DOI: 10.1007/978-3-540-76928-6_41
• 发表时间: 2007-12
• 作者: K. Kaneiwa;M. Iwazume;Ken Fukuda

INOH pathway database: Curation,Annotation,Integration

INOH 通路数据库：管理、注释、整合

• 发表时间: 2008
• 期刊: Interdisciplinary Ontology:Proceedings of the First Interdisciplinary Ontology Meeting
• 作者: 寺澤公宏;藤原誠;佐藤直樹;N.Sato;兼岩 憲;福田 賢一郎
• 通讯作者: 福田 賢一郎

INOH release2.0

INOH版本2.0