Force fields for the molecular dynamics of modified nucleic acids

修饰核酸分子动力学的力场

基本信息

批准号：
16K17778
负责人：
Sakuraba Shun
金额：
$ 2.16万
依托单位：
National Institutes for Quantum and Radiological Science and Technology (2018-2019)The University of Tokyo (2016-2017)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2016
资助国家：
日本
起止时间：
2016-04-01 至 2020-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

修飾核酸の分子動力学シミュレーション

修饰核酸的分子动力学模拟

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
0
作者：
Shun Sakuraba;Junichi Iwakiri;Michiaki Hamada;Tomoshi Kameda;Genichiro Tsuji;Yasuaki Kimura;Hiroshi Abe;Kiyoshi Asai;桜庭俊
通讯作者：
桜庭俊

FEP/REST法によるタンパク質変異体の自由エネルギー計算

使用 FEP/REST 方法计算蛋白质变体的自由能

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Shimpei Nishida;Shun Sakuraba;Kiyoshi Asai;Michiaki Hamada;A COMPUTATIONAL STUDY OF FREE-ENERGY CHANGES UPON PROTEIN MUTATIONS;櫻庭　俊;櫻庭　俊
通讯作者：
櫻庭　俊

Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data

使用实验和计算数据估计 RNA 二级结构预测的能量参数

DOI：
10.1109/tcbb.2018.2813388
发表时间：
2018
期刊：
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
影响因子：
0
作者：
Shimpei Nishida;Shun Sakuraba;Kiyoshi Asai;and Michiaki Hamada
通讯作者：
and Michiaki Hamada

RNA nearest-neighbor parameters for inosine-cytosine pairs derived from a combined experiment-simulation approach

结合实验模拟方法得出的肌苷-胞嘧啶对的 RNA 最近邻参数

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Shun Sakuraba;Junichi Iwakiri;Michiaki Hamada;Tomoshi Kameda;Genichiro Tsuji;Yasuaki Kimura;Hiroshi Abe;Kiyoshi Asai
通讯作者：
Kiyoshi Asai

Performance Evaluation of the Zero-Multipole Summation Method in Modern Molecular Dynamics Software

现代分子动力学软件中零多极求和法的性能评估

DOI：
10.1002/jcc.25228
发表时间：
2018
期刊：
Journal of Computational Chemistry
影响因子：
3
作者：
Shun Sakuraba;Ikuo Fukuda
通讯作者：
Ikuo Fukuda

DOI：
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作者：
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Sakuraba Shun其他文献

Free energy profile for unwrapping outer superhelical turn of CENP-A nucleosome

CENP-A 核小体外超螺旋转的自由能分布

DOI：
10.2142/biophysico.16.0_337
发表时间：
2019
期刊：
Biophysics and Physicobiology
影响因子：
1.5
作者：
Kono Hidetoshi;Sakuraba Shun;Ishida Hisashi
通讯作者：
Ishida Hisashi

Impact of cellular fibrinolytic systems on angiogenesis and wound healing

细胞纤溶系统对血管生成和伤口愈合的影响

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Sato Ko;Kumar Amarjeet;Hamada Keisuke;Okada Chikako;Oguni Asako;Machiyama Ayumi;Sakuraba Shun;Nishizawa Tomohiro;Nureki Osamu;Kono Hidetoshi;Ogata Kazuhiro;Sengoku Toru;佐野秀人
通讯作者：
佐野秀人

全原子分子動力学シミュレーションを用いた、ヌクレオソーム安定性に対するねじれストレス影響の解析

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DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kono Hidetoshi;Sakuraba Shun;Ishida Hisashi;石田恒;石田恒
通讯作者：
石田恒

分子シミュレーションによるヌクレオソーム構造変化の網羅的探索

利用分子模拟全面探索核小体结构变化

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kono Hidetoshi;Sakuraba Shun;Ishida Hisashi;石田恒
通讯作者：
石田恒

Free-Energy Calculation of Ribonucleic Inosines and Its Application to Nearest-Neighbor Parameters

核糖核肌苷的自由能计算及其在最近邻参数中的应用

DOI：
10.1021/acs.jctc.0c00270
发表时间：
2020
期刊：
Journal of Chemical Theory and Computation
影响因子：
5.5
作者：
Sakuraba Shun;Iwakiri Junichi;Hamada Michiaki;Kameda Tomoshi;Tsuji Genichiro;Kimura Yasuaki;Abe Hiroshi;Asai Kiyoshi
通讯作者：
Asai Kiyoshi