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Force fields for the molecular dynamics of modified nucleic acids

修饰核酸分子动力学的力场

基本信息

批准号：
16K17778
负责人：
Sakuraba Shun
金额：
$ 2.16万
依托单位：
National Institutes for Quantum and Radiological Science and Technology (2018-2019)The University of Tokyo (2016-2017)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2016
资助国家：
日本
起止时间：
2016-04-01 至 2020-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

修飾核酸の分子動力学シミュレーション

修饰核酸的分子动力学模拟

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
0
作者：
Shun Sakuraba;Junichi Iwakiri;Michiaki Hamada;Tomoshi Kameda;Genichiro Tsuji;Yasuaki Kimura;Hiroshi Abe;Kiyoshi Asai;桜庭俊
通讯作者：
桜庭俊

FEP/REST法によるタンパク質変異体の自由エネルギー計算

使用 FEP/REST 方法计算蛋白质变体的自由能

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Shimpei Nishida;Shun Sakuraba;Kiyoshi Asai;Michiaki Hamada;A COMPUTATIONAL STUDY OF FREE-ENERGY CHANGES UPON PROTEIN MUTATIONS;櫻庭　俊;櫻庭　俊
通讯作者：
櫻庭　俊

RNA nearest-neighbor parameters for inosine-cytosine pairs derived from a combined experiment-simulation approach

结合实验模拟方法得出的肌苷-胞嘧啶对的 RNA 最近邻参数

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Shun Sakuraba;Junichi Iwakiri;Michiaki Hamada;Tomoshi Kameda;Genichiro Tsuji;Yasuaki Kimura;Hiroshi Abe;Kiyoshi Asai
通讯作者：
Kiyoshi Asai

Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data

使用实验和计算数据估计 RNA 二级结构预测的能量参数

DOI：
10.1109/tcbb.2018.2813388
发表时间：
2018
期刊：
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
影响因子：
0
作者：
Shimpei Nishida;Shun Sakuraba;Kiyoshi Asai;and Michiaki Hamada
通讯作者：
and Michiaki Hamada

Performance Evaluation of the Zero-Multipole Summation Method in Modern Molecular Dynamics Software

现代分子动力学软件中零多极求和法的性能评估

DOI：
10.1002/jcc.25228
发表时间：
2018
期刊：
Journal of Computational Chemistry
影响因子：
3
作者：
Shun Sakuraba;Ikuo Fukuda
通讯作者：
Ikuo Fukuda

DOI：
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作者：
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Sakuraba Shun其他文献

Free energy profile for unwrapping outer superhelical turn of CENP-A nucleosome

CENP-A 核小体外超螺旋转的自由能分布

DOI：
10.2142/biophysico.16.0_337
发表时间：
2019
期刊：
Biophysics and Physicobiology
影响因子：
1.5
作者：
Kono Hidetoshi;Sakuraba Shun;Ishida Hisashi
通讯作者：
Ishida Hisashi

Impact of cellular fibrinolytic systems on angiogenesis and wound healing

细胞纤溶系统对血管生成和伤口愈合的影响

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Sato Ko;Kumar Amarjeet;Hamada Keisuke;Okada Chikako;Oguni Asako;Machiyama Ayumi;Sakuraba Shun;Nishizawa Tomohiro;Nureki Osamu;Kono Hidetoshi;Ogata Kazuhiro;Sengoku Toru;佐野秀人
通讯作者：
佐野秀人

分子シミュレーションによるヌクレオソーム構造変化の網羅的探索

利用分子模拟全面探索核小体结构变化

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kono Hidetoshi;Sakuraba Shun;Ishida Hisashi;石田恒
通讯作者：
石田恒

全原子分子動力学シミュレーションを用いた、ヌクレオソーム安定性に対するねじれストレス影響の解析

使用全原子分子动力学模拟分析扭转应力对核小体稳定性的影响

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kono Hidetoshi;Sakuraba Shun;Ishida Hisashi;石田恒;石田恒
通讯作者：
石田恒

頂点に基づく局所探索法を用いたカオスニューラルネットワークによるグラフ的シュタイナー木問題の解法

使用基于顶点的局部搜索方法使用混沌神经网络解决图形斯坦纳树问题

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
Hagio Taichi;Sakuraba Shun;Iwakiri Junichi;Mori Ryota;Asai Kiyoshi;藤原寛太郎，安東弘泰，池口徹，吉田昌史，加計正文;小林博慶;藤田実沙，木村貴幸，藤原寛太郎，池口徹
通讯作者：
藤田実沙，木村貴幸，藤原寛太郎，池口徹