トランスクリプトーム・シストローム統合解析による肺小細胞癌転写ネットワークの解明

通过转录组-顺反组整合分析阐明小细胞肺癌转录网络

基本信息

批准号：
16K18437
负责人：
堀江真史
金额：
$ 2.66万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2016
资助国家：
日本
起止时间：
2016-04-01 至 2017-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)から51細胞株の小細胞癌(SCLC)のトランスクリプトームのデータを入手しクラスタリング解析・主成分分析等を行ったところ、1. ASCL1 high、2. NeuroD1 high、3. YAP/TAZ highの3つのクラスターに分類された。E-MTAB-2706に登録されている30種類のSCLCのRNA-seqのデータを用いても同様の結果が得られた。YAP/TAZ, ASCL1. NeuroD1の高発現はそれぞれexclusiveである傾向が観察された。それぞれのクラスターにおける細胞の形態学的特徴を観察したところ、YAP/TAZ highのsubgroupでは接着系のphenotypeが多く、ASCL1 highのsubgroupでは浮遊系のphenotypeが多かった。In vitroでは、H209, Lu134A, Lu134B, Lu139, SBC3, SBC5の6つのSCLC細胞株を用いてYAP・TAZの発現を確認したところ、SBC3ではYAP/TAZの高発現、SBC5ではYAPの高発現が確認された。これらの細胞においてsiRNAを用いてYAPのノックダウンを行ったところ、細胞形態が小型・円形に変化した。YAPの下流の遺伝子をmicroarrayにより探索したところ、AJUBAやAMOTL2などの遺伝子が同定された。さらにsiRNAによりAJUBAのノックダウンを行ったところ、YAPのノックダウンと同様に細胞形態の小型・円形化が認められ、YAP-AJUBAのシグナルが細胞形態の維持に関与している可能性が示唆された。最後にYAP/TAZのdrug sensitivityへの影響を検討した。公開されているSCLC細胞株のIC50のデータを用いてYAP/TAZ highとlowのsubgroupにおける薬剤感受性の比較したところ、YAP/TAZ high群では、SCLCの治療でよく使われるEtoposideやTopotecanなどの薬剤へのIC50が有意に低くこれらの薬剤への治療反応性が高いと考えられた。またYAP/TAZ high群ではあらたにPLK inhibitorやmTOR inhibitorのIC50が明らかに低いことが判明し、これらの新規薬剤がYAP/TAZ high群で有効となる可能性が示唆された。

从癌细胞系百科全书（CCLE）获得了51个小细胞癌（SCLC）的51个细胞系的转录组的数据，进行聚类分析和主成分分析，并将结果分为三个群集：1。ASCL1高，2。NeuroD1高，3。yap/yap/yap/taz高。使用来自E-MTAB-2706中注册的30种类型的SCLC的RNA-Seq数据获得了相似的结果。高表达YAP/TAZ的趋势，ASCL1。 Neurod1分别为独家。当我们观察到每个簇中细胞的形态特征时，YAP/TAZ高亚组中存在许多粘附系统的表型，以及ASCL1高亚组中的许多粘附系统表型。在体外，使用六个SCLC细胞系H209，LU134A，LU134B，LU139，SBC3和SBC5证实YAP和TAZ的表达，并在SBC3和SBC5中证实YAP/TAZ的高表达。当使用这些细胞中的siRNA击倒YAP时，细胞的形态变为较小且圆形的形状。当使用微阵列搜索YAP下游的基因时，鉴定出诸如Ajuba和Amotl2之类的基因。此外，使用siRNA敲除ajuba表明细胞形态较小且圆形，类似于YAP敲低的形态，这表明YAP-AJUBA信号可能参与维持细胞形态。最后，我们检查了YAP/TAZ对药物敏感性的影响。使用有关SCLC细胞系IC50的已发表数据，我们比较了YAP/TAZ高和低亚组中的药物敏感性，并且人们认为，在YAP/TAZ高组中，IC50与依托托糖苷和拓扑替克（如SCLC的治疗中）使用的药物较高，并且对这些食物的治疗较高，并且对这些食物的响应很高。此外，发现PLK抑制剂和MTOR抑制剂的IC50在YAP/TAZ高组中显然很低，这表明这些新药在YAP/TAZ高组中可能有效。