Establishing the stem cell bank network and developing an integrated information retrieval system

建立干细胞库网络并开发综合信息检索系统

• 批准号: 17K12777
• 负责人: 桜井 都衣
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-04-01 至 2018-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17K12777/
• 关键词: データベース; 幹細胞バンク; 再生医療研究; ビッグデータ; バイオインフォマティクス; 幹細胞バンクネットワーク

2007年にヒト人工多能性幹細胞（iPS細胞）が開発されて以降、現在に至るまで世界中でiPS細胞やES細胞のような幹細胞の樹立が増加し、それらを用いた再生医療への応用研究が大規模に行われビッグデータを産出している。しかしながら、１）世界には多数の幹細胞バンクが存在すること、２）異なるバンクが個々にデータベースを構築しており提供情報が多様である上、記述方法を統一する形式がない、ということから産生された情報（ビッグデータ）の共有・比較のような有効利用の困難さが問題となっている。そこで本研究課題では、再生医療における細胞解析データのための最小情報記述ガイドライン（MIACARM）を用いた国際間細胞バンクネットワークの構築と相互検索システムに取り組んだ。まず、異なる幹細胞バンクで構築されたデータベースで提供される情報項目名の統一を行うため、対象とする日米欧の幹細胞バンクのデータベースで用いられている情報項目を収集・比較し、MIACARMを元に共通項目のマッピングを行い表を作成した。作成した表をクロスリファレンステーブルと呼び、それを中心に幹細胞バンク情報ネットワークの構築を計画した。次に、webAPIを用いた幹細胞情報の自動化統合検索システムの開発を行なった。webAPIを用いることで特定のサーバーにアクセスしデータ取得が可能となり、独自のサーバを持たずに情報の検索が行える。この技術を用いて、提携する幹細胞バンクの細胞情報を格納するデータサーバーからの情報検索用環境の整備を行なった。更にMIACARMを元に作成したクロスリファレンステーブルを用いて、インターネットを通じ、各幹細胞バンクからの情報の一斉検索および検索結果の一覧表示を可能とする検索システムの開発・公開を行なった。

Since 2007, artificial pluripotent stem cells (iPS cells) have been developed. Now, the establishment of iPS cells and ES cells in the world has increased, and research on regenerative medicine has been carried out on a large scale. 1) Most stem cells exist in the world, 2) Different types of stem cells exist in different ways, and 2) Different types of stem cells exist in different ways. This research topic is about the minimum information description (MIACARM) of regenerative medicine, cell analysis, and construction of interactive systems. The information item name of the stem cell library is unified, and the information item of the stem cell library is collected, compared, and created in the MIACORM library. The stem cell information center was established in 1997. Development of automated integrated system for stem cell information using web API webAPI is used to retrieve information from specific servers. This technology is used to promote the development of stem cell information and to prepare the environment for information development. In addition, MIACARM elements are created to enable the development and disclosure of information on stem cell development, communication, and a list of information on stem cell development.

项目成果

幹細胞バンクネットワーク情報検索システム

干细胞库网络信息检索系统