細菌ゲノム抽出・増幅法を活用した新たな迅速敗血症診断法の確立

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今日、医学の進歩と共に様々な器質的疾患の診断・治療が可能となり、高齢者が増加している。このような患者は基礎疾患として様々な臓器に渡る疾病を認めることが多く、様々な臓器への加療が並行して行われていることが多い。そして、高齢者は外傷患部から細菌感染を機に敗血症へ進行し易いとされ、患者背景や基礎疾患によっては致死的である。従って、そのような患者においては感染菌を速やかに同定し、適切な抗菌剤を処方することが必要である。しかし、現在の臨床医学の現場では、様々な基礎疾患を有する老年患者の感染臓器や感染起因菌を速やかに判断することが困難でありそれぞれ疑わしい臓器から採取された培養検体を確認するまでは広域スペクトルの抗生剤を投与せざるを得ない。しかしこれが耐性獲得菌の問題を引き起こしている。本研究では次世代DNAシークエンサー(NGS)を利用し、血液中の感染菌の同定を試みた。敗血症が疑われた高齢者患者患者(もしくはその家族)からインフォームドコンセントを頂き、血液を提供していただいた。このうち血液培養陽性の6検体ならびに健常人3検体からDNAを抽出し、細菌に普遍的に存在する16S rRNA遺伝子の可変領域をPCRで増幅しNGS (IonPGM)によるシークエンシングを行った。得られた細菌DNA配列はGSTKホモロジー検索プログラムにて菌種の同定を行った。得られたビックデータから、健常人でも検出されるCutibacteriumなど上位0.5%以上の検出菌を環境由来菌として除き、敗血症6検体における検出菌について頻度に順位をつけた。この結果、6検体中5検体から血液培養陽性菌が上位に検出された。また、各患者検体とも、培養陽性菌以外にさらに1種以上の菌が高頻度で検出され複合感染が検出できる可能性を示唆した。