シングルセル・ゲノミクスによる難培養微生物の機能解明と遺伝子資源化

利用单细胞基因组学阐明难以培养的微生物的功能并将其转化为遗传资源

• 批准号: 22241046
• 负责人: 本郷 裕一
• 金额: $ 21.72万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22241046/
• 关键词: 細菌叢ゲノム; 共生; 難培養; バイオマス; メタゲノム; シングルセル; シロアリ

シングルセル・ゲノミクスとは、1細胞のみを用いて、ある生物種のゲノムを解読する研究分野あるいは手法である。ゲノムとは全遺伝情報、すなわち設計図であり、その生物種を用いた基礎・応用研究上、最も重要なデータの一つである。細菌ゲノムの解読には10億個以上の同一系統の細胞が必要だが、培養すれば容易に集められる。ゲノムDNAの配列解析に要するコストも年々低下しており、これまでに、細菌を中心に1400以上の生物種・系統のゲノムDNA配列が決定されている。ところが、大多数の微生物種は、実は培養法が不明である。これらはゲノム解読が不可能なのはもちろん、従来の微生物学的研究手法が適用できないので、生理・生態なども未知のままである。微生物は生態系の基盤を形成するだけではなく、人類にとっては不可欠の生物資源でもある。しかし培養不能なために、生態系には大きなブラックボックスが残り、人類が利用可能な生物資源も、ごくわずかにすぎないのである。そこで本研究課題では、培養を介さずに、1細胞のみでゲノム解読を可能とする手法の確立に取り組んでいる。H22年度においては、まず1細胞を環境中から単離する方法の最適化を行ってきた。いくつかの細胞単離法を試し、また購入予定装置の選定を進めてきた。クリーンルーム、マイクロマニピュレーションシステム、結果を評価するためのリアルタイムPCR装置などの購入・設置を行い、次年度以降(最先端・次世代研究開発支援プログラムで継続)の本格的な研究への準備を完了することができた。

In the field of research, there is a wide range of research methods in the field of research. This is the most important thing in the research of comprehensive information, equipment design, and basic research for the use of biological equipment. It is easy to collect and train more than 1 billion people in the same system to meet the necessary and training requirements. The determination of the allocation of biological species, systems, and DNA of biological species and systems in the Center for Bacteriology in 1400 and above is determined by the allocation and analysis of biological species, systems and DNA. Most of the microbes, most of the microbes, and the culture methods are unknown. It is impossible to understand that it is impossible to use the methods of microbiology, physiology and ecology. The microbial biologic system forms a critical mass, and human beings can not owe the biological resources to the biological resources. It is not possible for human beings to make full use of biological resources, such as the use of biological resources, the use of biological resources, and the use of biological resources by human beings. The purpose of this study is to make sure that it is necessary to make sure that the system is used in this study. In H22, the most effective method for environmental protection and isolation in the environment is the most effective. Please do not enter the predetermined device to select the selection of the operating system. In the following years, we have completed the preparation of the first round of research in the next year (at the beginning of the next generation of research to support health care in the next generation of research).

项目成果

メタゲノム解析技術の最前線(第3章)

最前沿的宏基因组分析技术（第三章）

• 发表时间: 2010
• 作者: 安藝雅彦;亀井潤也;平沢隆之;須田義大;本郷裕一
• 通讯作者: 本郷裕一

Handbook of Molecular Microbial Ecology II - Metagenomics in Different Habitats

分子微生物生态学手册 II - 不同生境的宏基因组学

• 发表时间: 2011
• 作者: De Bruijn FJ

難培養性細菌のゲノム解析によるシロアリ腸内共生機構の解明

通过难培养细菌基因组分析阐明白蚁肠道共生机制

• 发表时间: 2010
• 作者: Y. Sakasegawa;H. Tanaka;N. Sekine,I. Hosako;T. Idehara;and K.Hirakawa;本郷裕一
• 通讯作者: 本郷裕一

難培養微生物研究の最新技術II(第5章)

难培养微生物研究最新技术II（第五章）

• 发表时间: 2010
• 作者: 本郷裕一;大熊盛也
• 通讯作者: 大熊盛也

Termites, protists, and bacteria : a multi-layered symbiosis for thriving on lignocellulose

白蚁、原生生物和细菌：在木质纤维素上繁衍生息的多层共生

• 发表时间: 2010
• 作者: 林 悠;酒井一弥;安田光佑;安藤れい子;糸原重美;Yuki Wakasaki;桑原雅夫;Yuichi Hongoh
• 通讯作者: Yuichi Hongoh