単細胞真核生物を題材とした真核生物-原核生物間水平伝播遺伝子の進化過程解明

基于单细胞真核生物阐明真核生物与原核生物之间水平传递基因的进化过程

基本信息

  • 批准号:
    22K19342
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 4.16万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
  • 财政年份:
    2022
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2022-06-30 至 2025-03-31
  • 项目状态:
    未结题

项目摘要

本研究課題は、単細胞真核生物(原生生物)と原核生物(細菌・アーキア)間で水平伝播した遺伝子の進化過程解明を目的としている。具体的には、シロアリ腸内原生生物の核ゲノム配列と、同原生生物に特異的に細胞内共生する原核生物のゲノム配列を取得し、互いに水平伝播した遺伝子/ゲノム領域を特定し、水平伝播後の進化過程を推定するものである。シロアリ腸内原生生物には宿主種に特異的かつ多様な系統群の細菌が細胞内共生しており、こうした研究課題の材料としては最適と考えている。2022年度は、まず解析候補となる原生生物細胞内共生細菌の、より多様な種類のゲノム配列を網羅的に再構築した。複数の原生生物種の1細胞から取得済みであった共生細菌叢メタゲノム(細菌群集全体のゲノム)配列断片を、情報解析学的に細菌種ごとに仕分け(ビニング)、多様かつ多数のこれまで未取得であった原生生物細胞内共生細菌のドラフトゲノム配列を再構築することができた。また以前より解析していた、宿主の原生生物由来遺伝子群を保有する新規細胞内共生細菌系統群の完全長ゲノム配列を複数取得し、詳細な分子系統解析や比較ゲノム解析を行った上で、論文投稿中である。今後は、さらに多くの細胞内共生細菌のゲノムの完全長配列取得を目指し、それらの真核生物ゲノム由来遺伝子・ゲノム領域を特定し精査するとともに、宿主原生生物ドラフトゲノム配列の解析も進めていく。予備的な解析では、より多様な細胞内共生細菌ゲノム上に真核生物由来の遺伝子領域がありそうだが、そうした領域はビニング過程で除去される可能性が高く、より完成度の高い細菌ゲノム配列の構築が重要である。
This research topic は, 単 eukaryotic cells (protists) と prokaryotes (bacteria ア ー キ ア) で level between 伝 sowing し た heritage 伝 son の evolution interpret を purpose と し て い る. Specific に は, シ ロ ア リ intestinal protozoa の nuclear ゲ ノ ム column と, with protozoa に specific に intracellular symbiotic す る prokaryotes の ゲ ノ ム match column を obtain し, mutual い に level 伝 sowing し た heritage 伝 child / ゲ ノ を specific し ム field, horizontal 伝 の evolution after seeding を presumption す る も の で あ る. シ ロ ア リ intestinal protozoa に は host of に specific か つ many others な system group の が intracellular symbiotic bacteria し て お り, こ う し た research topic の material と し て は optimum と exam え て い る. 2022 annual は, ま ず parsing alternate と な る の symbiotic bacteria, protozoa cell よ り others more な kinds の ゲ ノ ム match column を snare に to construct し た. Plural の protozoa of の 1 cell か ら obtain 済 み で あ っ た symbiotic bacteria plexus メ タ ゲ ノ ム (bacterial colonization all の ゲ ノ ム) with column を fragment, intelligence analytics に bacterial ご と け に shi points (ビ ニ ン グ), many others か つ most の こ れ ま で has not obtained で あ っ た protists intracellular symbiotic bacteria の ド ラ フ ト ゲ ノ ム match column を to construct す る こ と Youdaoplaceholder0 た た. ま た before よ り parsing し て い た, host の protists origin heritage 伝 subgroup を retain す る new rules on the bacterial symbiosis in the cell group の completely long ゲ ノ ム match column を plural obtain し, detailed analytical や な molecular system comparison ゲ ノ ム parsing line を っ た で, paper submitted in で あ る. Future は, さ ら に more く の intracellular symbiotic bacteria の ゲ ノ ム の completely with long column made を refers し, そ れ ら の eukaryotes ゲ ノ ム origin heritage 伝 child · ゲ ノ ム domain specific し を fine check す る と と も に, host protists ド ラ フ ト ゲ ノ ム match column の parsing も into め て い く. Reserve な resolution で は, よ り others more な intracellular symbiotic bacteria ゲ ノ ム に on eukaryotic origin の heritage 伝 sub-fields が あ り そ う だ が, そ う し た field は ビ ニ ン で グ process to remove さ れ る high possibility が く, よ り finish high の い bacteria ゲ ノ ム match column の build が important で あ る.

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
寄生性原生生物におけるセルラーゼ遺伝子獲得と相利共生体への進化
寄生原生生物中纤维素酶基因的获取和进化为互利共生体
  • DOI:
  • 发表时间:
    2023
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    猪飼桂;高橋雄大;守川貴裕;大熊盛也;山田明徳;井上徹志;本郷裕一
  • 通讯作者:
    本郷裕一
Ecology and physiology of endonuclear alphaproteobacterial symbionts (order Holosporales) infecting termite gut protists
感染白蚁肠道原生生物的核内α变形菌共生体(全孢目)的生态学和生理学
  • DOI:
  • 发表时间:
    2023
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Kong Suet Kei;Katsura Igai;Kazuki Takahashi;Satoshi Murooka;Hirokazu Kuwahara;Tomoyuki Sato;Moriya Ohkuma;Yuichi Hongoh
  • 通讯作者:
    Yuichi Hongoh
シロアリ・キゴキブリ腸内原生生物に共生する新規Deferribacterota門細菌の発見と1細胞ゲノム解析
与白蚁和黄蟑螂肠道原生生物共存的新型去铁菌门细菌的发现和单细胞基因组分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2023
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    丸岡直弥;工藤凛平;猪飼桂,雪真弘,大熊盛也;本郷裕一
  • 通讯作者:
    本郷裕一
Novel clades of Rickettsiales and Holosporales infecting protist cells in the termite guts and their metabolic capacities predicted based on genome analysis
感染白蚁肠道内原生细胞的立克次体目和全孢菌目的新进化枝及其基于基因组分析预测的代谢能力
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Hirokazu Kuwahara;Satoshi Murooka;Tomoyuki Sato;Ajeng Pramono;Mikihiko Kawai;Tomohide Hiwatari;Gaku Mizutani;Moriya Ohkuma;Yuichi Hongoh
  • 通讯作者:
    Yuichi Hongoh
Genome analysis of a novel endosymbiotic clade in Clostridia suggests the emergence of energy parasites within the predominant bacterial class in animal intestines.
对梭状芽胞杆菌中新型内共生进化枝的基因组分析表明,动物肠道中的主要细菌类中出现了能量寄生虫。
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Kazuki Takahashi;Hirokazu Kuwahara;Yutaro Horikawa;Tatsuya Inagaki;Kazuki Izawa;Masahiro Yuki;Moriya Ohkuma;Yuichi Hongoh
  • 通讯作者:
    Yuichi Hongoh
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本郷 裕一其他文献

シロアリ腸内原生生物細胞内共生細菌の全ゲノム解析
白蚁肠道原生内共生细菌的全基因组分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Inoue T.;Takematsu Y.;Yamada A.;et al.;Pinsurang Deevong;Tetsushi Inoue;Yuichi Hongoh;佐藤朋之;本郷裕一;Hongoh Y.;Sato T.;本郷裕一;本郷裕一;本郷裕一;本郷 裕一
  • 通讯作者:
    本郷 裕一
Complete genome of un uncultured bacterial symbiont in the termite gut
白蚁肠道中未培养的细菌共生体的完整基因组
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Inoue T.;Takematsu Y.;Yamada A.;et al.;Pinsurang Deevong;Tetsushi Inoue;Yuichi Hongoh;佐藤朋之;本郷裕一;Hongoh Y.;Sato T.;本郷裕一;本郷裕一;本郷裕一;本郷 裕一;本郷 裕一;本郷 裕一;本郷裕一;Hongohy Y.
  • 通讯作者:
    Hongohy Y.
Complete genome of an uncultured bacterial symbiont in the termite gut
白蚁肠道中未培养的细菌共生体的完整基因组
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Inoue T.;Takematsu Y.;Yamada A.;et al.;Pinsurang Deevong;Tetsushi Inoue;Yuichi Hongoh;佐藤朋之;本郷裕一;Hongoh Y.;Sato T.;本郷裕一;本郷裕一;本郷裕一;本郷 裕一;本郷 裕一;本郷 裕一;本郷裕一;Hongohy Y.;本郷裕一;Ohkuma M.;本郷裕一;大熊盛也;本郷裕一;Yuichi Hongoh
  • 通讯作者:
    Yuichi Hongoh
光合成生物の細胞質内に共生するリケッチアのゲノム解析
共生于光合生物细胞质中的立克次体的基因组分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    川舩 かおる;桑原 宏和;坂本 智昭;倉田 哲也;廣岡 俊亮;宮城島 進也;松崎 素道;野崎 久義;本郷 裕一
  • 通讯作者:
    本郷 裕一
パタゴニアに生息する氷河カワゲラの網羅的腸内細菌叢解析
生活在巴塔哥尼亚冰川石蝇的肠道菌群综合分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    村上 匠;瀬川 高弘;竹内 望;Pedro Labarca;Gonzalo Barcaza Sepulveda;幸島 司郎;本郷 裕一
  • 通讯作者:
    本郷 裕一

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シロアリ腸内原生生物の比較ゲノム解析による多種共存機構の解明
通过白蚁肠道原生生物的比较基因组分析阐明多物种共存机制
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    23H02553
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    2023
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    $ 4.16万
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シングルセル・ゲノミクスによる難培養微生物の機能解明と遺伝子資源化
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シロアリ腸内共生系研究のためのモデル生物の構築
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    2010
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    97J07594
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    2023J05017
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原生生物ラビリンチュラ属の珪藻捕食機構および海洋生態系のDHA供給経路の解明
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  • 批准号:
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    2024
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  • 批准号:
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    2024
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Evolutionary forces driving the diversity of protist symbioses
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    23K14256
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    2023
  • 资助金额:
    $ 4.16万
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    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
シロアリ腸内原生生物の比較ゲノム解析による多種共存機構の解明
通过白蚁肠道原生生物的比较基因组分析阐明多物种共存机制
  • 批准号:
    23H02553
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 4.16万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
新規なシロアリ腸内木質分解性原生生物の進化過程の解明
阐明白蚁肠道中新型木材降解原生生物的进化过程
  • 批准号:
    23K14242
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 4.16万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
環境中での薬剤耐性菌の制御に向けた,原生生物のバイオフィルム捕食作用の評価
原生生物生物膜捕食控制环境耐药菌效果评价
  • 批准号:
    22K12404
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 4.16万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Collaborative Research: RUI: Microbes need frenemies: unveiling microbial relationships with protist and viruses that support deep-sea hydrothermal vent food webs
合作研究:RUI:微生物需要亦敌亦友:揭示微生物与支持深海热液喷口食物网的原生生物和病毒的关系
  • 批准号:
    2205254
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 4.16万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Functional Analysis of Transcription in a Protist Model
原生生物模型中转录的功能分析
  • 批准号:
    RGPIN-2020-07036
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 4.16万
  • 项目类别:
    Discovery Grants Program - Individual
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