Development of Molecular Dynamics Classification Theories for Life Science and Drug Design

生命科学和药物设计分子动力学分类理论的发展

基本信息

  • 批准号：
    15KT0103
  • 负责人：
    Yamashita Takefumi
  • 金额：
    $ 3万
  • 依托单位：
    The University of Tokyo
  • 依托单位国家：
    日本
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 财政年份：
    2015
  • 资助国家：
    日本
  • 起止时间：
    2015-07-10 至 2020-03-31
  • 项目状态：
    已结题

项目摘要

项目成果

期刊论文数量（27）
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专利数量（0）
Effect of interface structure on the binding affinity of proteins: A molecular dynamics study
界面结构对蛋白质结合亲和力的影响：分子动力学研究
  • DOI：
  • 发表时间：
    2018
  • 期刊：
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
    渋田敬史;田島慎一;Iinuma T，Arai Y，Takayama M，Abe Y，Ito T，Kondo Y，Hirose N，Gionhaku N;Takefumi Yamashita
  • 通讯作者：
    Takefumi Yamashita
On Quantitative Understanding on Antigen-Antibody Interaction through All-atom Molecular Dynamics Simulations
通过全原子分子动力学模拟定量理解抗原抗体相互作用
  • DOI：
  • 发表时间：
    2017
  • 期刊：
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
    平田 匠;新井康通;髙山美智代;阿部由紀子;山村 憲;海老原良典;広瀬信義．;児玉大樹;L. Guo and A. Okamoto;児玉大樹;Takefumi Yamashita
  • 通讯作者：
    Takefumi Yamashita
分子動力学シミュレーションと蛋白質-小分子相互作用
分子动力学模拟和蛋白质-小分子相互作用
  • DOI：
  • 发表时间：
    2016
  • 期刊：
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
    Osawa Y;Arai Y;Takayama M.;山下雄史
  • 通讯作者：
    山下雄史
分子動力学計算による抗原と抗体の結合過程の研究
利用分子动力学计算研究抗原和抗体的结合过程
  • DOI：
  • 发表时间：
    2017
  • 期刊：
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
    山下 雄史・高松 佑一郎
  • 通讯作者：
    山下 雄史・高松 佑一郎
抗体医薬品設計に IT 革命を: 理論と計算による挑戦
为抗体药物设计带来 IT 革命：理论和计算面临的挑战
  • DOI：
  • 发表时间：
    2019
  • 期刊：
    月刊「細胞」(The Cell)
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
    小原功任;田島慎一;南佳晃，佐藤純，三浦岳，長山雅晴;山下雄史
  • 通讯作者：
    山下雄史
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Yamashita Takefumi其他文献

Effect of conversion on epoxy resin properties: Combined molecular dynamics simulation and experimental study
转化率对环氧树脂性能的影响：结合分子动力学模拟和实验研究
  • DOI：
    10.1016/j.polymer.2022.125041
  • 发表时间：
    2022
  • 期刊：
    Polymer
  • 影响因子：
    4.6
  • 作者：
    Shoji Naoyuki;Sasaki Kohei;Uedono Akira;Taniguchi Yuichi;Hayashi Keiichi;Matsubara Norie;Kobayashi Tetsuya;Yamashita Takefumi
  • 通讯作者：
    Yamashita Takefumi
Affinity Improvement of a Cancer-Targeted Antibody through Alanine-Induced Adjustment of Antigen-Antibody Interface
通过丙氨酸诱导的抗原-抗体界面调整提高癌症靶向抗体的亲和力
  • DOI：
    10.1016/j.str.2018.11.002
  • 发表时间：
    2019
  • 期刊：
    Structure
  • 影响因子：
    5.7
  • 作者：
    Yamashita Takefumi;Mizohata Eiichi;Nagatoishi Satoru;Watanabe Takahiro;Nakakido Makoto;Iwanari Hiroko;Mochizuki Yasuhiro;Nakayama Taisuke;Kado Yuji;Yokota Yuki;Matsumura Hiroyoshi;Kawamura Takeshi;Kodama Tatsuhiko;Hamakubo Takao;Inoue Tsuyoshi;Fujitani Hi
  • 通讯作者：
    Fujitani Hi
「EUの気候変動エネルギー政策とクリーン・モビリティ」
“欧盟气候变化能源政策和清洁交通”
  • DOI：
  • 发表时间：
    2019
  • 期刊：
    立教大学経済研究所年報
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
    Yamashita Takefumi;Okajima Ryo;Miyanabe Kazuhiro;Tsumoto Kouhei;Shoji Takada;蓮見　雄
  • 通讯作者：
    蓮見　雄
Dynamics of nucleosomes and transcription factors studied by molecular simulations
通过分子模拟研究核小体和转录因子的动力学
  • DOI：
  • 发表时间：
    2017
  • 期刊：
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
    Yamashita Takefumi;Okajima Ryo;Miyanabe Kazuhiro;Tsumoto Kouhei;Shoji Takada;蓮見　雄;Shoji Takada
  • 通讯作者：
    Shoji Takada
Protein folding and misfolding studied by molecular simulations
通过分子模拟研究蛋白质折叠和错误折叠
  • DOI：
  • 发表时间：
    2017
  • 期刊：
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
    Yamashita Takefumi;Okajima Ryo;Miyanabe Kazuhiro;Tsumoto Kouhei;Shoji Takada
  • 通讯作者：
    Shoji Takada

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  • 通讯作者：
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Dynamics of protein-protein interface: Development of analysis methods based on machine learning and MD simulation
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  • 批准年份：
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  • 批准号：
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  • 财政年份：
    2024
  • 资助金额：
    $ 3万
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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知道了