Diels-Alder反応を触媒する酵素が持つ遷移状態制御の解明
Diels-Alder反応を触媒する酵素が持つ遷移状態制御の解明
批准号:
15KT0068
负责人:
渡辺 賢二
金额:
$11.56万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份:
2015
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2015-07-10 至 2018-03-31
中文摘要
糸状菌Chaetomium globosumによって生産されるSch210972は、その分子内にオクタリン(octahydronaphthalene)骨格を有することから、生合成にDiels-Alder反応が関与すると推測されていた。我々はこれまでに、C. globosumにおける遺伝子破壊実験、Aspergillus nidulans異種宿主発現系による生合成系の再構築により、Diels-Alder反応を触媒する酵素遺伝子としてcghAを同定した。cghA存在下における生合成産物は単一の立体異性体であるのに対し、非存在下では非天然型のジアステレオマーが生産されたことから、CghAは立体選択的なDiels-Alder反応を触媒する酵素と予想された。そこで、本研究においてはCghAの触媒機構を実験的に解明することを目指した。タンパク質のX線結晶構造解析により、CghAの触媒する反応の機構を解析できると考えた。はじめに、C. globosumより調製したcDNAをもとに5’-および3’-RACE法によりcghAの全遺伝子配列を決定した。種々検討の結果、コドンを最適化させたcghA合成遺伝子の利用により、大腸菌を宿主とした目的タンパク質の大量生産に成功した。続いて、クロマトグラフィーによる精製、結晶化条件のスクリーニングを経て、CghAタンパク質結晶の獲得に成功した。さらに計算化学を用い、基質、生成物および得られたタンパク質構造を用いたドッキングシミュレーションを行い、活性部位を予測した。予測された活性部位近傍のアミノ酸残基に変異を導入した変異体酵素の変換活性を観測することで、位世界で初めて酵素Diels-Alderaseがどのようにして立体選択的な環化反応を触媒するのかを示すことに成功した。
英文摘要
糸状菌Chaetomium globosumによって生産されるSch210972は、その分子内にオクタリン(octahydronaphthalene)骨格を有することから、生合成にDiels-Alder反応が関与すると推測されていた。我々はこれまでに、C. globosumにおける遺伝子破壊実験、Aspergillus nidulans異種宿主発現系による生合成系の再構築により、Diels-Alder反応を触媒する酵素遺伝子としてcghAを同定した。cghA存在下における生合成産物は単一の立体異性体であるのに対し、非存在下では非天然型のジアステレオマーが生産されたことから、CghAは立体選択的なDiels-Alder反応を触媒する酵素と予想された。そこで、本研究においてはCghAの触媒機構を実験的に解明することを目指した。タンパク質のX線結晶構造解析により、CghAの触媒する反応の機構を解析できると考えた。はじめに、C. globosumより調製したcDNAをもとに5’-および3’-RACE法によりcghAの全遺伝子配列を決定した。種々検討の結果、コドンを最適化させたcghA合成遺伝子の利用により、大腸菌を宿主とした目的タンパク質の大量生産に成功した。続いて、クロマトグラフィーによる精製、結晶化条件のスクリーニングを経て、CghAタンパク質結晶の獲得に成功した。さらに計算化学を用い、基質、生成物および得られたタンパク質構造を用いたドッキングシミュレーションを行い、活性部位を予測した。予測された活性部位近傍のアミノ酸残基に変異を導入した変異体酵素の変換活性を観測することで、位世界で初めて酵素Diels-Alderaseがどのようにして立体選択的な環化反応を触媒するのかを示すことに成功した。
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立体選択的な環化反応を触媒する酵素CghAの反応機構解析
催化立体选择性环化反应酶CghA的机理分析
DOI:
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发表时间:
2017
期刊:
影响因子:
--
作者:
[横山葵, 岸本真治, 佐藤道大, 原幸大, 恒松雄太, 橋本博, 渡辺賢二]
通讯作者:
渡辺賢二
Development of catalysts from natural product biosynthesis as reagents for enzymatic syntheses of potential drugs as well as natural products
开发天然产物生物合成催化剂作为潜在药物和天然产物酶合成的试剂
DOI:
--
发表时间:
2016
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Jun Xing Leong, Wilson Agerico Dino, Azizan Ahmad, Wan Ramli Wan Daud, 笠井秀明, Kenji Watanabe]
通讯作者:
Kenji Watanabe
Elucidation of pyranonigrin biosynthetic pathway reveals mechanism of fused γ-pyrone, exo-methylene and spiral cyclobutane formation
吡喃黑素生物合成途径的阐明揭示了稠合γ-吡喃酮、外型亚甲基和螺旋环丁烷形成的机制
DOI:
--
发表时间:
2015
期刊:
影响因子:
--
作者:
[高口博志, 山田耕一, Pavol Jusko, Stephan Schlemmer, Oskar Asvay, Kenji Watanabe]
通讯作者:
Kenji Watanabe
WATANABE RESEARCH GROUP
渡边研究小组
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
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作者:
[]
通讯作者:
研究業績
研究成果
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
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作者:
[]
通讯作者:
共 8 条
Toward engineered biosynthesis of drugs in human cells
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批准号:22K19158
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项目类别:Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
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资助金额:$3.99万
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财政年份:2022
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负责人:渡辺 賢二
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依托单位:
Understanding a mechanism of an onset of colorectal cancer by colibactin and finding compounds inhibiting colibactin biosynthetic enzymes
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批准号:22H04979
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (S)
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资助金额:$118.39万
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财政年份:2022
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负责人:渡辺 賢二
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依托单位:
Understanding a mechanism of an onset of colorectal cancer by colibactin and finding a inhibitor to the biosynthetic enzymes
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批准号:22H00362
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
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资助金额:$26.62万
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财政年份:2022
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负责人:渡辺 賢二
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依托单位:
有用天然物の生合成遺伝子発現によるシンセティックバイオロジーの確立
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批准号:23310162
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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资助金额:$5.74万
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财政年份:2011
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负责人:渡辺 賢二
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依托单位:
病原性微生物が生産する天然物の化学構造決定および生合成機構の解明に関する研究
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批准号:23651240
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项目类别:Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
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资助金额:$2.5万
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财政年份:2011
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负责人:渡辺 賢二
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依托单位:
分子間Diels-Alder反応を触媒する酵素に関する研究
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批准号:98J02740
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$1.73万
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财政年份:1998
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负责人:渡辺 賢二
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依托单位:
国内基金
海外基金
转录因子HL6调控植物卡生合成增强水稻抗病性的分子遗传基础研究
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批准号:32272071
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项目类别:面上项目
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资助金额:54万元
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批准年份:2022
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负责人:余四斌
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依托单位: