Analysis of cell-to-cell variability in pluripotent stem cells by single-cell gene expression analysis and mathematical modeling

通过单细胞基因表达分析和数学建模分析多能干细胞的细胞间变异

• 批准号: 16KT0139
• 负责人: Nakamura Naotoshi
• 金额: $ 3.08万
• 依托单位: Osaka University (2018-2019)Kyoto University (2016-2017)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-07-19 至 2020-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16KT0139/
• 关键词: 1細胞; 遺伝子発現のゆらぎ; 1細胞遺伝子発現解析; ヘテロジェネイティ; 心筋分化; 多能性幹細胞; 力学系; 擬似時間軸

项目成果

LAVENDER: latent axes discovery from multiple cytometry samples with non-parametric divergence estimation and multidimensional scaling reconstruction

LAVENDER：通过非参数散度估计和多维尺度重建从多个细胞计数样本中发现潜轴

• DOI: 10.1101/673434
• 发表时间: 2019
• 期刊: bioRxiv
• 作者: Nakamura Naotoshi;Okada Daigo;Setoh Kazuya;Kawaguchi Takahisa;Higasa Koichiro;Tabara Yasuharu;Matsuda Fumihiko;Yamada Ryo
• 通讯作者: Yamada Ryo

LAVENDER extracts individual variability in the immune response to seasonal influenza vaccination

LAVENDER 提取季节性流感疫苗免疫反应的个体差异

• 发表时间: 2018
• 作者: 黒田賢治;西尾哲夫;Naotoshi Nakamura
• 通讯作者: Naotoshi Nakamura

実空間や情報空間の『形』を観る方法の開発

开发一种查看真实空间和信息空间“形状”的方法

• 发表时间: 2019
• 作者: Tetsuo Nishio;Okamoto Naoko;Jun’ichi Oda;Margaret Sironval;Marion Chesnais;et Yo Kaji;Naotoshi Nakamura;西尾哲夫・縄田浩志;Naotoshi Nakamura
• 通讯作者: Naotoshi Nakamura

距離に基づく細胞間不均一性の解析

基于距离的细胞间异质性分析

• 发表时间: 2019
• 作者: Tetsuo Nishio;Okamoto Naoko;Jun’ichi Oda;Margaret Sironval;Marion Chesnais;et Yo Kaji;Naotoshi Nakamura
• 通讯作者: Naotoshi Nakamura

シングルセルマルチオミックス～心筋分化におけるシングルセル発現解析とオープンクロマチン解析～

单细胞多组学〜心脏分化中的单细胞表达分析和开放染色质分析〜

• 发表时间: 2016
• 作者: 黒田賢治;西尾哲夫;Naotoshi Nakamura;相島葉月;中村正裕
• 通讯作者: 中村正裕