Multiple Protein Alignment Algorithmen mit Splitmetriken und Validierung von Phylogenien

对于蛋白质测序的生物学分析和解释，从韦尔登中获得的大样本的时间，是系统发生学（Stammb）和本质上的多重比对。她提出了关于测序和结构的假设，这些假设包括蛋白质和新测序的分子和功能。这一前向项目是一个复杂的研究和实施项目，旨在解决系统发生学的问题--这一方法的基础是通过分离度量和基于距离的内策进化来处理序列-距离。Dabei韦尔登所有与unterliegenden Sequenzdaten kompatiblen Bärben和die sie bestimmenden zugehörigen multilen Alignments berechnet。该软件可用于轮廓对齐的最佳匹配，也可用于其他韦尔登。艾因塞茨巴尔海峡轮廓对准的质量影响了轮廓的精度和距离，并降低了轮廓的整体性能。Deshalb ist die Verbesserung und theoretische Absicherung von Profil-Alignments und der zugehörigen Bewertungsfunktionen von vorrangiger Bedeutung für das Projekt.

Für die biologische Analyse und Interpretation von Proteinsequenzen, die zur Zeit im großen Umfang aus Sequenzierungsprojekten gewonnen werden, sind Phylogenien (Stammbäume) und multiple Alignments von essentielles Bedeutung. Sie erlauben das Auffinden von Sequenz- und Struktur-Ähnlichkeiten zu bereits bekannten Proteinen und ermöglichen damit Hypothesen über die molekulare und zelluläre Funktion der neuen Sequenz. Das vorliegende Projekt hat zum Ziel einen Algorithmus zu entwickeln und zu implementieren, der das Lösen der eng verwandten Probleme -Konstruktion der Phylogenie -Konstruktion des multiplen Alignments für eine Menge von Protein-Sequenzen und -Strukturen in einem neuartigen integrierten Ansatz vereint. Das Verfahren basiert auf der Behandlung von Sequenz-Distanzen durch sogenannte Splitmetriken und berechnet entsprechende evolutionäre Netze verschränkt mit den Distanzen. Dabei werden alle mit den unterliegenden Sequenzdaten kompatiblen Bäume und die sie bestimmenden zugehörigen multiplen Alignments berechnet. Der Algorithmus beruht auf einer sukzessiven Berechnung von Profil-Alignments, wie sie auch bei anderen Verfahren eingesetzt werden bzw. einsetzbar sind. Die Qualität dieser Profil-Alignments hat entscheidenden Einfluss auf die Ähnlichkeits- und Distanzmaße und damit auf die Gesamtperformance des Algorithmus. Deshalb ist die Verbesserung und theoretische Absicherung von Profil-Alignments und der zugehörigen Bewertungsfunktionen von vorrangiger Bedeutung für das Projekt.