クライオ電子顕微鏡による生体分子モーターの立体構造と機能の解明
使用冷冻电子显微镜阐明生物分子马达的三维结构和功能
基本信息
- 批准号:25000013
- 负责人:
- 金额:$ 368.33万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Specially Promoted Research
- 财政年份:2013
- 资助国家:日本
- 起止时间:2013 至 2018
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
べん毛モーターの回転機構の解明をめざして進めてきたべん毛基部体のクライオ電子顕微鏡による構造解析では、昨年から一層の進捗があった。信号タンパク質CheY-Pの非存在下では反時計回りにのみ回転する野生型モーターと、時計回りにのみ回転する変異型モーターの、2つの構造モデルを構築して精密化し、回転スイッチに関わる構造変化を明らかにしたとともに、モーター回転子のコア部分で膜貫通型タンパク質FliF複合体のMSリング、その中心部に結合する3種類の膜タンパク質FliP, FliQ, FliRからなる3型べん毛タンパク質輸送ゲートのらせん状複合体、そしてさらにその上に5種類のタンパク質FliE, FlgB, FlgC, FlgF, FlgGが順番にらせん状に重合してドライブシャフトとして働くロッドの構造についても、この巨大な複合体の全体構造を5Å分解能で解析し、各構成タンパク質の結晶構造やクライオ電顕による高分解能MSリング構造を組合わせて、分子モデルを構築することに成功した。両成果ともに投稿論文作成中である。心筋のトロポミオシン・トロポニン・アクチン繊維からなる細いフィラメントのクライオ電顕による構造解析では、トロポミオシンの全長の分子モデルを初めて構築してトロポミオシン間のジャンクション構造を明らかにするとともに、トロポニンを構成するの3種類のサブユニットがアクチン繊維の極めて広い領域にわたって結合する様子を解明した。また、Caイオン存在下と非存在下における2状態の構造を明らかにし、筋収縮の制御のしくみを支える構造変化を明らかにした。当該研究課題と並行して2010年から日本電子(株)と共同開発し、2016年夏にプロトタイプが完成した高度に自動化した新型クライオ電子顕微鏡CRYO ARM 200(加速電圧200kV)では、2017年夏に3日間の自動撮影で収集した約2500枚のβガラクトシダーゼの電顕像(35万粒子像)から2.4Å分解能を達成したが、その商用製品1号機として2018年6月に理研SPring-8センターに導入設置されたCRYO ARM 300(300kV)ではアポフェリチン球殻状構造のクライオ電顕像を撮影し、1日で自動撮影したわずか840枚の電顕像(12万粒子像)から、世界最高となる1.53Å分解能を達成した。この商用機はプロトタイプにはない冷陰極電界放射型電子銃(Cold FEG)が装備されているため電子線の干渉性がより高く、しかも300kVという高い加速電圧も寄与して電子光学系の解像度は1.0Å分解能に近いことがわかっている。今回得たアポフェリチンの3次元像マップでは、トリプトファン側鎖の五員環に孔が空き、メチオニン側鎖の炭素原子と硫黄原子のサイズに明確な違いが見えるなど、その解像度は原子分解能に近いもので、生体分子水溶液試料の構造解析における原子分解能の達成にむけて、Cold FEGを装備したクライオ電子顕微鏡の極めて大きなポテンシャルを示した。
The structure analysis of the micro-mirror structure of the hair base body was carried out in the past year. In the absence of signal quality Chey-P, the reverse chronometer loop, the reverse chronometer loop loop, the reverse chronometer loop, the reverse chronometer loop loop, the reverse chronometer loop, the FliQ, FliR, FliQ, FliR, FliQ, FliQ, Fli The crystal structure of each component is successfully composed of the crystal structure and the molecular structure.両成果ともに投稿论文作成中である。The structure analysis of the structure of the core tendon is as follows: the structure analysis of the core tendon is as follows: the structure analysis of the core tendon is as follows: The three types of components of the system are described in detail below. The structure of the two states in the presence and absence of Ca is clearly defined, and the structure of the contraction is clearly defined When the research project is completed, the new electronic microscope CRYSTO ARM 200 will be fully automated by the summer of 2016.(Acceleration voltage 200kV) In summer 2017, automatic photography during the third day collected about 2500 β-ray images (350,000 particle images) and 2.4-ray decomposition energy. The commercial product No. 1 was introduced in June 2018, and the SPring-8 was installed with CRYSTO ARM 300(300kV). The spherical shell structure was used for image capture. On the first day, the automatic image capture was achieved, with 840 images (120,000 particle images), the world's highest resolution energy of 1.53. This commercial machine is equipped with a cold cathode emission electron gun (Cold FEG) with high electron line coherence and high acceleration voltage of 300kV and resolution of 1.0 kV electron optical system. The three-dimensional image of carbon atom and sulfur atom in the side lock has been obtained. The resolution of atomic decomposition energy is close to that of atomic decomposition energy. The structural analysis of biological molecular aqueous solution samples has been carried out. Cold FEG is equipped with an electronic micro-mirror.
项目成果
期刊论文数量(305)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Salmonella typhimuriumべん毛たんぱく質FljBの構造とその特徴
鼠伤寒沙门氏菌鞭毛蛋白FljB的结构和特性
- DOI:
- 发表时间:2019
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:山口智子;寺原直矢;加藤貴之;當間頌子;宮田知子;難波啓一.
- 通讯作者:難波啓一.
Determination of local pH differences within living Salmonella cells by high-resolution pH imaging based on pH-sensitive GFP derivative, pHluorin(M153R)
基于 pH 敏感 GFP 衍生物 pHluorin(M153R) 的高分辨率 pH 成像测定活沙门氏菌细胞内的局部 pH 差异
- DOI:10.21769/bioprotoc.2529
- 发表时间:2017
- 期刊:
- 影响因子:0.8
- 作者:Yusuke V. Morimoto;Nobunori Kami-ike;Keiichi Namba;Tohru Minamino
- 通讯作者:Tohru Minamino
Effect of pH on rotation of the proton-driven bacterial flagellar motor under near zero load.
pH 对近零负载下质子驱动细菌鞭毛马达旋转的影响。
- DOI:
- 发表时间:2018
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:花泉裕大;中村修一;森本雄祐;南野徹;難波啓一.
- 通讯作者:難波啓一.
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難波 啓一其他文献
電子顕微鏡を利用した繊維状蛋白質の解離定数の新規測定法の開発
开发使用电子显微镜测量纤维蛋白解离常数的新方法
- DOI:
- 发表时间:
2021 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
渡邊 真人;今井 洋;宮田 知子;牧野 文信;武藤 悦子;Gerle Christoph;光岡 薫;栗栖 源嗣;難波 啓一;昆 隆英 - 通讯作者:
昆 隆英
A newly developed negative stain EM method for protein complexes at high protein concentration新規に開発した高濃度タンパク質のためのネガティブ染色電子顕微鏡法
新开发的高蛋白质浓度蛋白质复合物负染色电镜方法
- DOI:
- 发表时间:
2019 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
今井 洋;加藤 貴之;Christoph Gerle;武藤 悦子;光岡 薫;栗栖 源嗣;難波 啓一;昆 隆英 - 通讯作者:
昆 隆英
Step analysis of the Bacillus Na+-driven flagellar motor
芽孢杆菌Na驱动鞭毛电机的步进分析
- DOI:
- 发表时间:
2019 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
寺原 直矢;楊 未来;宗行 英朗;難波 啓一;南野 徹 - 通讯作者:
南野 徹
F1 モーターの反応過程におけるリン酸解離のタイミングについて
关于F1马达反应过程中磷酸盐解离的时机
- DOI:
- 发表时间:
2019 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
寺原 直矢;楊 未来;宗行 英朗;難波 啓一;南野 徹;Modifications of K+ channel property.;宗行英朗 - 通讯作者:
宗行英朗
SARS-CoV-2抗体医薬開発に資する中和抗体の作用機序の分子基盤
中和抗体作用机制的分子基础有助于SARS-CoV-2抗体药物的开发
- DOI:
- 发表时间:
2022 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
安齋 樹;藤田 純三;小野 慎子;小坂 洋一郎;宮本 由紀;七戸 新太郎;高田 光輔;梶田 忠宏;井上 豪;難波 啓一;渡辺 登喜子;松浦 善治 - 通讯作者:
松浦 善治
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使用电子显微镜对细菌鞭毛等生物超分子进行结构分析
- 批准号:
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$ 368.33万 - 项目类别:
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$ 368.33万 - 项目类别:
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