‘ししとう’から見出されたトウガラシの辛味低減に関与する新規2遺伝子の特定

鉴定出“Shishito辣椒”中发现的两个与降低辣椒辣度有关的新基因

• 批准号: 22KJ1495
• 负责人: 近藤 文哉
• 金额: $ 1.09万
• 依托单位: Shinshu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ1495/
• 关键词: トウガラシ; ししとう; カプサイシノイド; QTL解析; 比較ゲノム・トランスクリプトーム解析

申請者らはこれまで、野菜用トウガラシ‘ししとう’から辛味低減に関わる2遺伝子座（Shql3・Shql7）を見出しており、これらはトウガラシ育種時の辛味強度調節に活用できる可能性がある。そこで本研究では、‘ししとう’のゲノム・トランスクリプトーム解析により、当該2遺伝子座の原因遺伝子を特定することを目的とした。本年度はまず、‘ししとう’と辛味品種‘鷹の爪’の全ゲノムリシーケンスを実施し、その膨大な品種間多型データを活用して、Shql3・Shql7近傍に遺伝子型判別マーカー（HRM法を使用）を設計した。これらの遺伝マーカーを用いて‘ししとう’ב鷹の爪’交雑F2集団の遺伝解析を行い、Shql3・Shql7近傍領域においてマーカー密度の高い連鎖地図を作成した。その後、辛味強度（カプサイシノイド含量）に関する量的形質遺伝子座（QTL）解析を行い、Shql3・Shql7の座上領域の再推定を行った結果、それぞれ4 Mbp以内に座上領域を絞り込むことが出来た。原因遺伝子の同定に向け、snpEffソフトウェアを用いた比較ゲノム解析を行い、Shql3・Shql7の推定座上領域における‘ししとう’と‘鷹の爪’間のゲノム変異を網羅的に調査した。また、比較トランスクリプトーム解析により、両品種間の遺伝子発現変動についても調査を行った。これらのデータを統合し、‘ししとう’と‘鷹の爪’の発現量に有意な差異がみられる遺伝子や、ナンセンス変異等の重大な変異を有する遺伝子を探索した結果、Shql3・Shql7のそれぞれで約100遺伝子を候補遺伝子としてスクリーニングすることができた。

Applicant らはこれまで, wild vegetables with トウガラシ‘ししとう’からReduce pungent taste に关わる2 伝子杷 (Shql3・Shql7) It is possible to adjust the spiciness intensity during breeding by seeing out the しており and これらはトウガラシ.そこで本研究では、‘ししとう’のゲノム・トランスクリプトームAnalyzing the reason for the 2 reasons and purposes of the zodiac is the specific purpose. This year, there are many varieties of はまず, 'ししとう' and spicy varieties 'Eagle no claw' Type データをutilizationして, Shql3・Shql7 close proximityに伝子Type judgmentマーカー（HRM methodをuse）をdesignした.これらの缝マーカーを用いて‘ししとう’בhawk’s claws’ cross F2 episode 団の缝analytic を lineい, Shql3・Shql7 near field においてマーカーdensity high い chain ground 図をmade した. Analysis of morphological traits (QTL) of pungency intensity (カプサイシノイド content) and quantity of その后, を行い, Shql3・Shql7 の上上区のre-estimation を行った results, それぞれ4 The area within the Mbp area is open and closed. Cause 伝子の同定に向け、snpEffソフトウェアを用いたComparisonゲノムanalyticを行い、Shql3・Shql7's presumption is that the area on the seat is a における'ししとう' and an 'eagle's claw' between the のゲノム変different をsnare's にinvestigationした.また、Comparative analysis of トランスクリプトームanalysis により、両The difference between varieties の伝子発appears to move についてもinvestigation を行った.これらのデータをintegrationし、‘ししとう’と‘Eagle’s Claw’の発真人に有The meaning of the difference is the significant difference between the difference and the difference between the two.る伝子をExploration result, Shql3・Shql7のそれぞれでappropriation 100坝子を candidate 伝子としてスクリーニングすることができた.

项目成果

Genetic analysis of pungency deficiency in Japanese chili pepper ‘Shishito’ (Capsicum annuum) revealed its unique heredity and brought the discovery of two genetic loci involved with the reduction of pungency

• DOI: 10.1007/s00438-022-01975-2
• 发表时间: 2022-11
• 期刊: Molecular Genetics and Genomics
• 影响因子: 3.1
• 作者: Fumiya Kondo;Koyuki Umeda;Sathya Prabandaka Sudasinghe;Moe Yamaguchi;Shintaro Aratani;Yui Kumanomido-

‘ししとう’（Capsicum annuum）から見出された辛味低減に関与する2遺伝子座shql3・Shql7の遺伝効果の評価

评估 shql3 和 Shql7 的遗传效应，这两个基因座涉及减少“Shishito 辣椒”（Capsicum annuum）中的辛辣味

• 发表时间: 2022
• 作者: M. M. Buri1;R. N. Issaka;A. Zoromi;E. O. Adjei1 and T. Wakatsuki;海野研太郎・近藤文哉・根本和洋・松島憲一;Regina Hoi Yee FU;梅田小雪・近藤文哉・根本和洋・松島憲一;傅凱儀;近藤文哉・梅田小雪・根本和洋・松島憲一
• 通讯作者: 近藤文哉・梅田小雪・根本和洋・松島憲一

RNA sequencing in parthenocarpic chili pepper (Capsicum annuum) fruit reveals genes involved in transcriptional regulation of capsaicinoid biosynthesis genes responsible for the fluctuation of pungency

• DOI: 10.1016/j.scienta.2022.111456
• 发表时间: 2022-12-15
• 期刊: SCIENTIA HORTICULTURAE
• 影响因子: 4.3
• 作者: Kondo, Fumiya;Kumanomido, Yui;Matsushima, Kenichi
• 通讯作者: Matsushima, Kenichi