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5SrRNA立体構造の分子進化的変遷

5SrRNA三维结构的分子进化变化

基本信息

批准号：
60224004
负责人：
堀寛
金额：
$ 0.9万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Special Project Research
财政年份：
1985
资助国家：
日本
起止时间：
1985 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-60224004/
关键词：
5SrRNA 二次構造モデル系統樹リボリーム中心突起

项目摘要

タンパク合成器官として細胞内で活躍するリボリームは、その反応中心部に5SrRNAとよばれる約120塩基長よりなる核酸分子をもっている。5SrRNAはリボリーム内でCentral Protuberanceという構造をとっている。この5SrRNAの立体構造は、ある程度、予測されているが、その根拠となっているものは各種生物由来の5SrRNAの1次回列比較を行うことによって、種々のRNA分子内で共通に熱力学的に安定な構造がとれる場所を抽出するという方法であった。このことから、さらに多数の生物種から、その5SrRNAを抽出し、1次配列決定をすすめ、より普遍的なモデルを推定する必要がある。すでに核酸1次配列から、その配列のみで分子内における対結合(ペアリング)状態の自由エネルギーを計算する多くのプログラムが開発されているので、それを利用し、モデルの精密化をはかる。本年度1年間で決定した5SrRNAは原核生物内では、脱窒菌数種の配列決定が完了した。真核生物内では、紅藻類の5SrRNA、4種について、さらに褐藻類、黄金藻類、緑藻類珪藻類からも総計11種の構造決定が終了している。このデータから、5SrRNAの高次構造モデルをもとめると、生物の進化系統樹に従ってバクテリアと高等真核生物の中間に、真核生物では紅藻類が位置することがわかった。この紅藻類の二次構造モデルは、その一部に原核生物の特徴を残す部分があり、モデルからも系統関係が類推できた。またバクテリア(原核生物)では、我々がメタバクテリアと呼んでいるグループに、その1部の構造で真核生物型の性格が新たに出現していることも判明した。また原核生物と真核生物の間でその置換の様相を比較すると、原核生物の5SrRNAの置換様式は、よりモデル依存性が強い事も判明した。

In the synthesis organ, there is an activity of 5S rRNA in the central part of the cell, which is about 120 bp long. 5S rRNA is a highly conserved protein. The three-dimensional structure of 5S rRNA is different from that of other RNA molecules. The structure of 5S rRNA molecules is different from that of other RNA molecules. The majority of species are isolated, and the first order of alignment is determined. The first order of nucleic acid alignment, the second order of nucleic acid alignment, the third order of nucleic acid alignment, the fourth order of nucleic acid alignment, the fourth During the year, 5S rRNA was determined to complete the alignment of several bacterial species in prokaryotes. In eukaryotes, 5S rRNA, 4 species of rhodophyta, 11 species of brown algae, golden algae and green algae are determined by structure. The higher-order structure of 5SrRNA in the middle of higher eukaryotes and eukaryotes The secondary structure of the red algae is similar to that of a part of the prokaryote. The structure of the first part of the eukaryote type was identified as a new character. Comparison of 5S rRNA substitution patterns between prokaryotes and eukaryotes shows that 5S rRNA substitution patterns in prokaryotes are strongly dependent on each other.