Treatment of the biomolecular docking process using Fuzzy Set theory

使用模糊集理论处理生物分子对接过程

• 批准号: 5237720
• 负责人: Professor Dr. Jürgen Brickmann
• 金额: --
• 依托单位: Fachgebiet Physikalische Chemie
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 1999-12-31 至 2003-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5237720?language=en
• 关键词: Treatment; biomolecular; docking; process; using

Im Rahmen der vorliegenden Arbeit soll ein neues Verfahren entwickelt werden, das zur Identifizierung der Konfiguration biochemischer Komplexe anhand der Kristallstruktur der ungebundenen Komplexpartner dienen soll (sogenanntes docking-Problem). ... Es sollen mit Hilfe von fuzzy-logic-Strategien Kriterien entwickelt werden, die eine Bewertung der Komplementarität von molekularen Oberflächen gewährleisten. In anderen Anwendungsgebieten konnte gezeigt werden, daß fuzzy-logic-Algorithmen besser in der Lage sind, Expertenwissen in einen mathematischen Algorithmus umzusetzen, als klassische Verfahren. ... Als Kriterien für eine Zielfunktion sollen die topographischen Eigenschaften, das elektrostatische Potential, die Hydrophilie/Lipophilie sowie die Lage von Wasserstoffbrücken-Donatoren und -Akzeptoren herangezogen werden, die als Skalarfeld auf eine berechnete Moleküloberfläche projiziert wurden oder als dreidimensionale Daten auf einem Gitter zur Verfügung stehen. Diese Kriterien sollen geeignet fuzzifiziert werden, d.h. den berechneten Eigenschaften sollen linguistische Variablen zugeordnet werden. Die Zugehörigkeitswerte zu diesen linguistischen Variablen können dann als Eingabeparameter für die zu entwickelnden Algorithmen dienen, die an bekannten Protein-Ligand-Komplexen optimiert werden sollen. Im Anschluß an die Optimierung soll die Struktur der Komplexe anhand der ungebundenen Komponenten dieser Komplexe rekonstruiert werden. Nach dieser Verifizierung sollen die Algorithmen zu einem Programmpaket zusammengefaßt werden, mit dem eine weitgehend vollautomatische Suche nach molekularer Komplementarität möglich sein sollte.

我是Rahman der volliegenden Arbeit soll ein Neues Verfahren entwickelt Weden，das zur Identifizierung der Konplexe Komplexe and Hand der Kristallstrukturder ungebundenen Komplexex Partner dienen soll(Sgenanntes Docking-Problem)。..。这是一种模糊逻辑战略，它是一种基于模糊逻辑的方法，它是一种新的方法。在Anderen Anwendungsgebieten Konnte gezeigt，da？，？..。除静电势能外，还有亲水性和亲油性的静电势能。brücken-donatoren and-Akzeptoren herangegenen wserstoffbrücken-donatoren and-Akzeptoren herangezogen wrücken，die als Skalarfeld auf eine berechnete Moleküloberfläche projiziert Wurden oder Als dreisionale Daten aufinem Gitter Zur Verfügung stehen.Diese Kriterien Sollen Geeignet fuzzifiziert，D.H.这句话的意思是：“这是一种语言变体。”Die Zugehörigkeitswerte zu diesen languistischen Variablen könnnen Dann ALS Eingab参数für die zu entwickelnden算法dienen，die an bekannten Protein-Ligand-Komplexen Optimiert Well Sollen。我是Anschlu？an die Optimierung soll die Strukture der Komplexe和Ungebundenen Komponenten Dester Komplexe rekonstruciert。每一种算法的验证都是由程序包实现的，麻省理工学院的这项工作也是自动进行的，这是一种全新的编程方式。