概念的クラスタリング法によるバイオデ-タベ-スからの知識獲得ータンパク質内部における電子伝達系の解明ー

使用概念聚类方法从生物数据库获取知识 - 阐明蛋白质内部的电子传输系统 -

• 批准号: 03680036
• 负责人: 岡田 孝
• 金额: $ 1.02万
• 依托单位: Kwansei Gakuin University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
• 财政年份: 1991
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1991 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-03680036/
• 关键词: 概念的クラスタリング; 分類樹; 電子伝達; バイオデ-タベ-ス; 多重並置; 保存残基; 知識情報処理

本研究では、知識情報処理の方法論を取り入れてバイオデ-タベ-スを解析することにより,電子伝達系タンパク質分子内部の電子伝達経路を明らかにした.以下にその概要を述べる.1.一群のタンパク質分子のアミノ酸配列が与えられたとき,概念的クラスタリングの方法論により、アミノ酸配列の多重並置を行い,同時に分子群の分類樹を作成するためのシステムCLUSMOL/SをLisp言語により作成した.このシステムでは、specificなアミノ酸ばかりでなく、類似した性質を持つアミノ酸同士が並置される.しかも,分類樹の上位ノ-ドの構造としてgenericな配列が与えられるという機能を有している.2.CLUSMOL/Sシステムを,NBRF一次構造デ-タベ-ス中のCytochrome Cを始めとする各種の電子伝達タンパク質に対して適用した.その結果,specfic/genericな保存残基を容易に識別することができた.ついで,3次構造デ-タベ-スPDBに格納されているtuna Cytochrome c上での保存残基間の距離を検討した結果,分子表面から内部のヘムに至る3本の候補経路を得ることができた.これらの経路に関与する残基は,全て共役電子を構成することができるものばかりであった.さらに,これらの経路を構成する残基からモデルタンパク質分子を設定し,分子軌道法計算を実行したところ,3本の経路の中で,Tryー74,Trpー59,Tyrー67,Metー80により構成されるものが,残基間で大きな電子的相互作用を示すため,電子伝達に直接関与する部分であると結論づけることができた.同様の経路がCytochrome c550,c2およびブル-銅タンパク質に関しても得られている.

In this study, the method of information analysis is used to analyze the internal electrical energy of the molecules in the department of electrical engineering. The following is a summary of the following information. 1. A group of homologous molecules are divided into two groups, and the concept of multiple juxtaposition operations is discussed in this paper. In the same time, the molecular groups are classified into different clusters, and the same time molecular groups are classified into two different classes. In addition, the concept of multiple parallel parallelism is discussed in this paper. At the same time, the molecular groups are classified into different clusters, and the same time molecular groups are classified into CLUSMOL/S and Lisp clusters. This is the same as that of the same person in the same place as that of the same person in the same place as that of the same person in the same way. The equipment of the equipment and the equipment of the generic can be used. 2.CLUSMOL

项目成果

H.Nakagawa: "A Conceptual Clustering System for Protein Sequences: CLUSMOL/S" J.Biol.Chem.

H.Nakakawa：“蛋白质序列的概念聚类系统：CLUSMOL/S”J.Biol.Chem。

H.Nakagawa: "Coneceptual Clustering System for Protein Sequences and Discovering Intramolecular Electron Transfer Paths in Cytochrome c" J.Protein Chem.

H.Nakakawa：“蛋白质序列的概念聚类系统和发现细胞色素 c 中的分子内电子转移路径”J.Protein Chem。