ムギ類ゲノムにおけるマイクロサテライト多型の検出

小麦基因组微卫星多态性检测

• 批准号: 06760006
• 负责人: 中崎 鉄也
• 金额: $ 0.58万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1994
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1994 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-06760006/
• 关键词: マイクロサテライト; コムギ; DNAデータベース; 品種間多型

1.DNAデータベース(DDBJ)に登録されている植物に関する既知の塩基配列情報から2〜4塩基を反復単位とするマイクロサテライト(18〜20bp)を含む座を抽出・整理した結果,369個の座が抽出できた.2および3塩基を反復単位とする場合には,GCを単位とするものを除き,可能な全て組合せのマイクロサテライトが抽出されたが,その頻度にはばらつきがあり,最も多かったのはATを反復単位とするものであった(30%).また,これらの配列は遺伝子のエクソン,イントロン等の各部位で認められたが,転写領域では,ATおよびAAT/TTAを単位とするものは3'端付近に,TC/AGおよびTTC/AAGを単位とするものは5'端付近に多い等の特徴のあることが明らかになった.コムギに関して抽出できた座は6種類であり,イネ31,Arabidopsis 45に比べ少なかったが,これは,登録塩基配列数の差によると考えられる.2.DNAデータベースからの抽出結果からマイクロサテライトが遺伝子の上流域,mRNA3'末端領域およびmRNA5'末端領域それぞれに分布するコムギの塩基配列を選び,マイクロサテライトの周辺域の配列を基にプライマーを設計・作成して,コムギ9品種の全DNAをテンプレートとするPCRを行い,増幅産物の多型性の有無を調査した.その結果,プライマーによっては,コムギ品種間で多様な多型性の認められることが明らかとなり,マイクロサテライト多型の有用性が確認された.また,オオムギ品種間でも多型性が認められる場合があり,コムギの塩基配列情報から設計されたプライマーが他のムギ類ゲノムにも適用可能な場合のあることが示唆された.一方,塩基配列の解析から明らかにマイクロサテライト領域が増幅されているにもかかわらず多型性の認められない場合があり,マイクロサテライトの遺伝子内の存在部位の違いによる多型性程度の差異についてさらに検討することが必要であると考えられた.3.マイクロサテライトの染色体上での分布を明らかにするためには,in situ PCR法よりもPRINS法の方が有効ではないかと考えられた.

The results of the 1.DNA data collection (DDBJ) registration show that there are no significant differences between two and four base pairs (18~20bp), the results of which are extracted from each other. The results show that the location of the base is closed, and that the position of the GC is removed. It is possible to make full use of the whole system to determine the accuracy of the system, and the most accurate information is available. The most important information is AT. Each part, such as the field, the AT, the AAT/TTA, the AAT/TTA, the TC/AG, the TTC/AAG, the price, the price. In recent years, we have drawn a lot of information on the basis of the number of sub-stations. The results show that there are no significant differences in the number of basic configurations. 2. The results show that there are significant differences in the number of base configurations. 2. The results show that the mRNA3' terminal domain has a significant impact on the watershed, the mRNA3' end domain, the mRNA5' terminal domain distribution, the base configuration column, and so on. The basic equipment in the weekly domain is designed to make a full range of 9 kinds of DNA products. The products are PCR, and the polymorphisms of the products are available. The results of the test show that you can verify the availability of multiple types of products, and that you can verify the availability of multiple types of products. In the market, there are multiple types of equipment in different products, and there is a combination of information and information on the basis of the system. The information is designed to indicate that it is possible to use a combination of information and information. On the one hand, the base allocation column analysis shows that there is a difference in the degree of polymorphism in the area. on the other hand, there is a difference in the degree of polymorphism in the subsystem. on the other hand, there is a difference in the degree of polymorphism. on the other hand, there is a difference in the degree of polymorphism. on the one hand, there is a difference in the degree of polymorphism. 3. The distribution of DNA on the chromosomes is very clear. The in situ PCR method and the PRINS method show that there is no difference between the two methods.

项目成果

中崎鉄也: "メチル化阻害剤処理によって凝縮阻害の生じたライムギ染色体における複製バンドの検出" 育種学雑誌. 44別(2). 131- (1994)

Tetsuya Nakazaki：“检测由甲基化抑制剂处理引起的凝结抑制的黑麦染色体复制带”，《育种科学杂志》44 (2) (1994)。