迅速核酸分析法を用いた実験動物腸内に生息する腸内細菌の分類とモニタリング法の確立

前年度までにBacteroides、Prevotella、Porphyromonasの各クラスター特異的プローブうぇを作製し、極めて高い特異性を示したことから分離菌株の一次スクリーニングに有用であることを明らかとなった。本年度は、各クラスター内の菌種別プローブを作製し、その特異性の確認を行った。各クラスター内の菌種特異的なプローブを16S rRNAのデータベースを基にデザインした。BacteroidesクラスターではB.ovatus、B.uniformis、B.eggerthii、B.fragilis、B.uniformis、B.vulgatusについて各プローブを作製した。Porphyromonasクラスターでは、P.asaccharolytica、P.circumdentaria、P.gingivalis、P.salivosa、B.distasonis、B.splanchnicus、R.microfususについて作製した。PrevotellaクラスターではP.melaninogenica、P.denticola、P.corporis、P.disiens、P.buccalis、P.buccae、P.loeschrellについてプローブをデザインした。その結果、今回作製した種特異的プローブは基準株を用いた試験ではきわめて特異性が高かった。また、分離株を用いた試験でも生物・生化学性状で同定した33菌株のうち12株でプローブを用いた同定結果と一致しなかった。一致しなかった株について16S rRNAのシークエンスを調べたところ生物・生化学的性状の同定が誤りであったことが判明した。以上のように、16S rRNAのシークエンスを基にしたプローブによる分子生物学的同定法は、従来の生物・生化学的性状による同定法に比べて正確かつ容易に菌の同定ができるものと考える。

前年度までにBacteroides、Prevotella、Porphyromonasの各クラスター特異的プローブうぇを作製し、極めて高い特異性を示したことから分離菌株の一次スクリーニングに有用であることを明らかとなった。本年度は、各クラスター内の菌種別プローブを作製し、その特異性の確認を行った。各クラスター内の菌種特異的なプローブを16S rRNAのデータベースを基にデザインした。BacteroidesクラスターではB.ovatus、B.uniformis、B.eggerthii、B.fragilis、B.uniformis、B.vulgatusについて各プローブを作製した。Porphyromonasクラスターでは、P.asaccharolytica、P.circumdentaria、P.gingivalis、P.salivosa、B.distasonis、B.splanchnicus、R.microfususについて作製した。PrevotellaクラスターではP.melaninogenica、P.denticola、P.corporis、P.disiens、P.buccalis、P.buccae、P.loeschrellについてプローブをデザインした。その結果、今回作製した種特異的プローブは基準株を用いた試験ではきわめて特異性が高かった。また、分離株を用いた試験でも生物・生化学性状で同定した33菌株のうち12株でプローブを用いた同定結果と一致しなかった。一致しなかった株について16S rRNAのシークエンスを調べたところ生物・生化学的性状の同定が誤りであったことが判明した。以上のように、16S rRNAのシークエンスを基にしたプローブによる分子生物学的同定法は、従来の生物・生化学的性状による同定法に比べて正確かつ容易に菌の同定ができるものと考える。