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リボ核酸分解酵素RNase U_2とヌクオレチド複合体のX線結晶構造解析

核糖核酸酶RNase U_2和核苷酸复合物的X射线晶体结构分析

基本信息

批准号：
07772128
负责人：
野口修治
金额：
$ 0.64万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
财政年份：
1995
资助国家：
日本
起止时间：
1995 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-07772128/
关键词：
RNase U_2 リボ核酸分解酵素塩基認識蛋白質結晶構造解析

项目摘要

アデニンを優先的に認識するリボ核酸分解酵素RNase U_2と3′-AMP及び2′-AMPとの複合体結晶を酢酸カルシウム存在下ポリエチレングリコール8000から得た。RNase U_2と3′-AMPの複合体結晶は空間群P2_1、格子定数はa=39.99Å、b=40.10Å、c=38.42Å、β=124.14、RNase U_2と2′-AMPの複合体結晶は空間群P2_1、a=39.83Å、b=36.59Å、c=36.73Å、β=104.25°である。分子置換法により初期構造を決定し、分解嚢1.8ÅでR因子がそれぞれ0.164、0.185まで結晶学的構造精密化を進めた。3′-AMPはC_<3′>-endo-synのコンホメーシンでRNase U_2に結合している。塩基結合部近傍のAla 47からGlu 49は3_<10>-ヘリックスを形成しており、その両側に位置するTry 44主鎖、Glu 49側鎖がアデニン塩基と計4個の水素結合を形成してアデニン塩基を認識している。リン酸基はTry 39、Glu 62、Arg 85、His 101と、His 41のN_<δ1>原子はリホ-スO_<2′>と水素結合し、これらのアミノ酸残基が触媒部位を形成すると考えられる。2′-AMPのリン酸基は触媒部位に、アデニン塩基はHis 101のイミダゾール環にスタッキングしている。アデニン塩基部分で水素結合が形成されている3′-AMPの結合様式はプリン特異的なRNase U_2が切断されるホスホジエステル結合の5′側RNA鎖中のアデノシンの結合様式を、2′-AMPは切断されるホスホジエステル結合の5′側の塩基の結合様式を反映すると考えられる。3_<10>-ヘリックスをもつ塩基認識部位の構造は、RNase U_2で初めて発見されたものであり、プリン特異的RNaseに特有の新規構造モチーフを考えられる。また、RNase U_2と3′-AMPの複合体結晶でみられたHis 41のコンフォメーションは、このHisが他の一次構造の相同性を持つRNaseの対応するHisとは異なるコンフォメーションで触媒反応に関与することを示している。

The complex of RNase U_2, 3′-AMP and 2′-AMP was synthesized in the presence of a complex of RNase U_2, 3′-AMP and 2′-AMP. RNase U_2 3′-AMP complex crystal space group P2_1, lattice constant a=39.99, b=40.10, c=38.42, β=124.14, RNase U_2 2′-AMP complex crystal space group P2_1, a=39.83, b=36.59, c=36.73, β=104.25°. The molecular substitution method determines the initial structure, decomposes it to 1.8, and the R factor is 0.164 and 0.185. The crystallographic structure is refined. 3′-AMP is C_(3′)-endo-syn. A 3-inch gap is formed between Ala 47 and Glu 49 <10>near the base joint, and the Try 44 main lock and Glu 49 side lock are located on the opposite side of the base. The four water elements combine to form a three-dimensional base. The acid residues of Try39, Glu 62, Arg 85, His 101, His 41 and N <δ1> atoms are bound to water, and the acid residues of Try39, Glu 62, Arg 85, His 41 and N <δ 1> atoms are bound to water. 2′-AMP's acid group is the catalyst site, and the acid group is the catalyst site of His 101. The binding formula of 3′-AMP to 5′-side RNA lock is reflected in the binding formula of 3′-AMP to 5′-side RNA lock. 3. <10>The structure of RNase U_2 is the first to be recognized by RNase U_2. The crystal structure of RNase U_2 and 3′-AMP complex is similar to that of His 41 and His 41. The structure of RNase U_2 and 3 ′-AMP complex is similar to that of His 41 and His 41. The structure of RNase U_2 and 3 ′-AMP complex is similar to that of His 41 and His 41. The structure of RNase U_2 and 3 ′-AMP complex is similar to that of His 41 and His 41. The structure of RNase U_2 and 3 ′-AMP complex is similar to that of His 41 and His 41.