タンパク質のダイナミクスの有限要素解析

蛋白质动力学的有限元分析

• 批准号: 07780566
• 负责人: 倭 剛久
• 金额: $ 0.58万
• 依托单位: Tokyo University of Agriculture and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1995
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1995 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-07780566/
• 关键词: コンピュータ・グラフィックス; ドロ-ネ-分割; 分子動力学シミュレーション; 圧力; Sペプチド; ダイクストラ法; 揺らぎ; 原子充填

1.タンパク質の分子内部歪みのコンピュータ・グラフィックスによる可視化。圧力下でタンパク質子内部に生ずる歪みをベクトル場で表現する手法を開発・発表した(J.Mol.Graph.印刷中)。以前の研究では、構造変化の際原子の充填状況が変化しない部分のみあつかった。本研究では、原子充填の変化する部分にも適用可能になった。2.タンパク質の構造とダイナミクスに対する圧力効果リボヌクレアーゼSに含まれるSペプチドの水中、室温での分子動力学シミュレーションを2つの異なる圧力(1気圧、10000気圧)で実行した。Sペプチドの動力学の軌跡を解析した。いくつかの構造クラスターを発見した。構造クラスターの大きさの圧力依存性を調べた。10000気圧になると、Sペプチドの揺らぎやクラスターの大きさが小さくなることを発見した。Sペプチドの圧力変形を解析した。圧力で変化する部分と変化しない部分を区別して、コンピュータ・グラフィックスで表示した。この結果は1995年京都の国際学会で発表した。(3)タンパク質の構造比較タンパク質立体構造をCα原子のみで表現し、計算幾何学的にお互いの近隣関係を計算した。近隣であるCα原子を線分で結び、2つのCα原子間の距離を「相手に至るまでに経由する最小の線分数」で定義した。この単純化した「距離」を利用してタンパク質の構造比較をする手法を開発した。この研究は日経産業新聞(3・5)で紹介された。

1. Visualize the molecular interior of the molecule. The method of developing and displaying the internal production of protons under pressure (J.Mol.Graph.) In previous studies, the filling state of atoms in structural transformation has changed. This study is based on the possibility of application of atomic filling technology. 2. The molecular dynamics model of molecular dynamics in water and at room temperature with different pressures (1 pressure, 10000 pressure) is carried out. The trajectory analysis of the dynamics of the S plane. The structure of the structure is very complicated. The structure of the structure of the large number of stress dependence adjustment 10000 ° C, S ° C The pressure of the S is analyzed. The difference between pressure and pressure is that the pressure is higher. The results were announced by the Kyoto International Society in 1995. (3)Comparison of qualitative and structural properties of Cα atoms, calculation of neighbor relations in computational geometry The distance between adjacent Cα atoms is defined as "the smallest linear fraction of the phase to the phase". The method of purification and structural comparison is developed This research is based on Japanese industry news (March 5).

项目成果

T.Yamato: "Finite element study of protein structure under high pressure" Proceedings of the International Conference on High Pressure Bioscience and Biotechudogy,1995,KYOTO.(印刷中).

T. Yamato：“高压下蛋白质结构的有限元研究”国际高压生物科学和生物技术会议论文集，1995 年，京都（印刷中）。

T.Yamato: "Strain tensor field in Proteins" Journal of Molecular Graphics. (印刷中).

T. Yamato：“蛋白质中的应变张量场”分子图形杂志（正在出版）。