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アミノ酸置換による蛋白質中の化学反応場の制御

通过氨基酸取代控制蛋白质中的化学反应场

基本信息

批准号：
12042205
负责人：
斉藤稔
金额：
$ 2.3万
依托单位：
Hirosaki University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至 2001
项目状态：
已结题

项目摘要

酵素蛋白質は、化学反応を効率よく起こすための「化学反応場を」活性部位に作っている。この化学反応場の役割は、まず、基質を特異的に認識することである。次に、化学反応のエネルギー障壁を下げることである。本研究の目的は、このような化学反応場がどのような仕組みで酵素蛋白質内に構築されているのかを明らかにすることである。得られた知見は、化学反応場を持たない蛋白質に人工的に化学反応場を作る基盤技術となりうる。基質の認識と反応障壁は、いずれも自由エネルギーを計算することによって理論的に解析できる。申請者は、蛋白質の自由エネルギーを定量的に計算するために、独自のプログラム群を開発した。まず、研究の第1段階として、実験データが多い蛋白質の熱安定性自由エネルギーを計算することによって、計算方法の信頼性を実証した。第2段階として、この計算方法を蛋白質の基質認識に適用した。すなわち、DNA結合蛋白質であるλ-repressorとDNAとの結合自由エネルギーが、DNAの塩基対の違いによって変化することを、定量的に求めることに成功した。今年度は、その計算結果の信頼性や再現性を、計算条件や計算規模を変えて行って実証した。更に、第3段階として、同様の計算方法を触媒抗体(6D9)と基質アナログ及び真の基質とに適用している。基質アナログの原子電荷を非経験的分子軌道計算によって決定して、自由エネルギー計算の準備が整ったところである。

The active parts of the enzyme protein and chemical reaction sites were used to determine the activity of enzyme protein and chemical reaction. In the chemical industry, there is a lot of knowledge about the chemical industry, such as cutting, marketing, and so on. In the second place, the chemical reaction is used to reduce the temperature under the barrier. The purpose of this study is to investigate the effect of chemical reaction on the enzyme protein in the enzyme group. The chemical reaction market is based on the chemical reaction field, and the chemical reaction field is based on the artificial chemical reaction field. This is the basis for the analysis of the theory of anti-barrier and anti-barrier theory. Applicants and egg whites are free to calculate the amount of money in the market, and to conduct a group visit on their own. In the first paragraph of the study, there are many proteins in the first paragraph of the study, the freedom of stability, the calculation method and the method of calculation. In the second paragraph, the method of calculation is based on the knowledge of protein content. The combination of DNA binding protein λ-repressor protein and DNA binding protein lambda-repressor conjugate was used to determine the success of the assay. The results of this year's budget calculation show that it is believed that there is a significant difference in the accuracy of the calculation criteria, the calculation conditions and the calculation conditions. Paragraph 3, paragraph 3, calculation method of catalyst antibody (6D9), gene antibody, and real antibody. Based on the molecular channel calculation of atomic charge, the calculation of atomic charge is determined by the molecular channel calculation of atomic charge, and the calculation of atomic charge is based on the molecular channel calculation of atomic charge.