タマネギのBACクローンを用いた有用遺伝子のマッピングとゲノムオーガナイゼーション

使用洋葱 BAC 克隆绘制有用基因和基因组组织图谱

• 批准号: 01F00114
• 负责人: 向井 康比己
• 金额: $ 1.92万
• 依托单位: Osaka Kyoiku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-01F00114/
• 关键词: タマネギ; Alliinase遺伝子; ゲノムオーガナイゼーション; BACライブラリー; FISH; シークエンス; RT-PCR; 遺伝子発現解析

本研究は、タマネギの重要遺伝子であるalliinase遺伝子をタマネギのBACライブラリーから選抜し、それらのゲノムオーガナイゼーション、遺伝子発現、FISH法によるマッピングについて調べることを目的とした。alliinase遺伝子を含むBACクローン(4F4-77)をHindIIIで完全消化し、得られた30サブクローンの塩基配列をプライマーウォーキングにより決定した。alliinase配列のORFやプロモーター部分の構造を調べたところ、このalliinaseは今までに塩基配列が報告されているalliinaseとは異なることが分かり、alliinase多重遺伝子族に含まれる新規遺伝子だと考え、この遺伝子をALL1 (alliinase-like1)と名付けた。30サブクローンは、4F4-77 BACクローンのインサートの全部をカバーしており、サブクローン群を全部整列化することがでた。ALL1遺伝子を中心とした約35kbの領域については、全塩基配列を決定した。ALL1領域のゲノム構造について詳細に調べたところ、GC含量は34%で、トランスポゾン様配列が存在することを見出した。ALL1遺伝子が発現しているかどうかRT-PCR法で調べ、鱗茎で発現する一般的なalliinaseや根で発現する別のalliinaseと比較した。ALL1は根で発現が認められたが、芽と鱗茎では発現しておらず、根のalliinaseと発現動態が似ていた。4F4-77 BACクローンをプローブに用いて、タマネギの染色体上にFISHしたところ、全染色体上にシグナルが現れたことから、このクローンは散在型反復配列を多くもつことが示された。次に、ALL1を含む35kb領域部分をプローブとしてチラミド高感度FISHを行った場合、単一シグナルがタマネギの第4染色体の長腕介在部上に得られ、マッピングに成功した。

は, this study タ マ ネ ギ の important heritage 伝 son で あ る alliinase posthumous son 伝 を タ マ ネ ギ の BAC ラ イ ブ ラ リ ー か ら sorting し, そ れ ら の ゲ ノ ム オ ー ガ ナ イ ゼ ー シ ョ ン, but 伝 発 now, FISH に よ る マ ッ ピ ン グ に つ い て adjustable べ る こ と を purpose と し た. Contains traces of alliinase 伝 son を む BAC ク ロ ー ン f4 (4-77) を HindIII で digested し, ら れ た 30 サ ブ ク ロ ー ン の salt base with column を プ ラ イ マ ー ウ ォ ー キ ン グ に よ り decided し た. Alliinase match column の ORF や プ ロ モ ー タ ー sections の を adjustable べ た と こ ろ, こ の alliinase は today ま で に salt base with column が report さ れ て い る alliinase と は different な る こ と が points か り, traces of alliinase multiple 伝 subfamily に containing ま れ る new rules but 伝 son だ と え test, こ の 伝 を son ALL1 (alliinase-like1)と is called けた. 30 サ ブ ク ロ ー ン は, 4 f4-77 BAC ク ロ ー ン の イ ン サ ー ト の all を カ バ ー し て お り, サ ブ ク ロ ー ン group を all his whole column す る こ と が で た. ALL1 leaves 伝 sub-を centers と と た た approximately 35kb <s:1> domains に に て て て に, and the all-basic arrangement を determines the た. ALL1 field の ゲ ノ ム tectonic に つ い て detailed に adjustable べ た と こ ろ, GC content は で 34%, ト ラ ン ス ポ ゾ ン others go が exist す る こ と を shows し た. ALL1 posthumous son 伝 が 発 now し て い る か ど う か rt-pcr method で べ, bulb で 発 now す る general な alliinase や root で 発 now す る don't の alliinase と compare し た. ALL1 は root で 発 が now recognize め ら れ た が, buds と bulb で は 発 now し て お ら ず, root の alliinase と 発 dynamic が now seems て い た. 4 the f4-77 BAC ク ロ ー ン を プ ロ ー ブ に with い て, タ マ ネ ギ の chromosome に FISH し た と こ ろ, whole chromosome に シ グ ナ ル が now れ た こ と か ら, こ の ク ロ ー ン は scattered repeatedly with column type を く more も つ こ と が shown さ れ た. に, ALL1 を 35 KB む part を プ ロ ー ブ と し て チ ラ ミ ド Gao Gan degrees line FISH を っ た occasions, 単 シ グ ナ ル が タ マ ネ ギ の chromosome 4 の long wrist interface in the department on に ら れ, マ ッ ピ ン グ に successful し た.

项目成果

Suzuki, G.: "Efficient storage and screening system for onion BAC clones"Breeding Science. 52. 157-159 (2002)

Suzuki, G.：“洋葱 BAC 克隆的高效储存和筛选系统”育种科学。

Do, G.S.: "Molecular organization of constitutive heterochromatin in Allium cepa"Advances in Chromosome Sciences. 1. 90-94 (2002)

Do，G.S.：“洋葱中组成型异染色质的分子组织”染色体科学进展。

Do, G.S.: "Isolation of onion BAC clones containing alliinase sequences"育種学研究. 4・別1. 17 (2002)

Do，G.S.：“含有蒜氨酸酶序列的洋葱 BAC 克隆的分离”育种研究 4. 第 1. 17 部分 (2002)。

都琴淑(Do, G.S.): "タマネギのalliinase様遺伝子のゲノム構造解析"育種学研究. 4・別2. 134 (2002)

Do，G.S.：“洋葱中蒜氨酸酶样基因的基因组结构分析”育种研究，第 4 部分，第 2 部分。134 (2002)。