ホヤ胚の遺伝子発現情報の網羅的解析:データベース構築とクラスタリング解析

海鞘胚胎基因表达信息综合分析：数据库构建与聚类分析

• 批准号: 01J60049
• 负责人: 川島 武士
• 金额: $ 2.3万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2003
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-01J60049/
• 关键词: ゲノム; ホヤ; 進化; バイオインフォマティクス; アセンブル; カタユウレイボヤ; クラスタリング; EST; データベース; アノテーション; cDNA; 遺伝子重複

今年度は、昨年度までに報告されたホヤのドラフトゲノム配列を用いて具体的に解析作業をおこなった。また研究成果の発表や、共同研究者との今後の解析作業のための議論や情報収集のため、短期間の海外研究機関への渡航をおこなった。研究の成果と、渡航先での研究内容およびその期間等は次のとおり。<研究成果>ホヤのドラフトゲノム中にコードされる細胞周期関連遺伝子について、その遺伝子発現制御等について調べ、これらについて1報の論文としてまとめ、2003年度のDGEに掲載された。ホヤの網羅的なESTデータをデータベース化し、クラスタリング作業を行った結果についてはその1部を1報の論文としてまとめ、2003年度のDGEに掲載された。またクラスタリング解析時における重複遺伝子の発現パターンの特徴などについては、2003年10月にフランスのマルセイユで行われた"International Urochordate meeting 2003"において、口頭発表をおこなった。<海外研究機関への渡航時における、滞在期間とその研究内容>2003年度は7月と9月の2回、米国カリフォルニア州にある共同ゲノム研究所へ滞在した。2003年度7月(7/11-7/19)の渡航ホヤのドラフトゲノム配列の決定とアノテーションにおいて共同研究機関であった共同ゲノム研究所に滞在し、日本産カタユウレイボヤのゲノム配列の比較方法等について情報収集をおこなった。2003年度9月(9/18-9/27)の渡航同じく米国の共同ゲノム研究所に滞在し、日本産カタユウレイボヤの配列決定と比較解析を実際に行った。

This year 's なった and last year' s までに report されたホヤ されたホヤ ドラフトゲノム ドラフトゲノム should be accompanied by を specific に analysis assignments using を て をお なった なった. ま た research の 発 table や, common researchers と の の analytical work in the future の た め の comment や intelligence 収 set の た め, short period の overseas study machine masato へ の tayouan を お こ な っ た. Research <s:1> results と, pre-voyage で <s:1> research content およびそ <s:1> period, etc. Youdaoplaceholder1 times <s:1> とお と と. Research achievements < > ホ ヤ の ド ラ フ ト ゲ ノ ム in に コ ー ド さ れ る cell cycle masato even heritage 伝 son に つ い て, そ の heritage 伝 son 発 now suppression etc に つ い て べ, こ れ ら に つ い て 1 quote の paper と し て ま と め, 2003 annual の DGE に first white jasmines load さ れ た. ホ ヤ の snare of な EST デ ー タ を デ ー タ ベ ー ス し, ク ラ ス タ リ ン グ line homework を っ た results に つ い て は そ の department を 1 quote の paper と し て ま と め, 2003 annual の DGE に first white jasmines load さ れ た. ま た ク ラ ス タ リ ン グ when parsing に お け る repeat heritage 伝 son の 発 now パ タ ー ン の, 徴 な ど に つ い て は, in October 2003 に フ ラ ン ス の マ ル セ イ ユ で line わ れ た "International Urochordate meeting 2003" に お い て, oral 発 table を お こ な っ た. When < overseas study machine masato へ の tayouan に お け る, sluggish during と そ の research content > July 2003 は と の September 2 back, m カ リ フ ォ ル ニ ア states に あ る common ゲ ノ ム institute へ lag in し た. In July 2003 (7/11-7/19) の tayouan ホ ヤ の ド ラ フ ト ゲ ノ ム match column の decided と ア ノ テ ー シ ョ ン に お い て study machine masato で あ っ た common ゲ ノ ム institute hysteresis in し に Japanese カ タ ユ ウ レ イ ボ ヤ の ゲ ノ ム match column の に methods such as comparison, つ い て intelligence 収 set を お こ な っ た. In September 2003 (9/18-9/27) の tayouan with じ く m の Shared ゲ ノ ム institute hysteresis in し に Japanese カ タ ユ ウ レ イ ボ ヤ の match column decided と comparative analytic を be interstate に line っ た.

项目成果

Kawashima T, Tokuoka M, Awazu S, Satoh N, Satou Y.: "A genomewide survey of developmentally relevant genes in Ciona intestinalis. VIII. Genes for PI3K signaling and cell cycle."Dev Genes Evol.. 213. 284-290 (2003)

Kawashima T、Tokuoka M、Awazu S、Satoh N、Satou Y.：“海鞘发育相关基因的全基因组调查。VIII. PI3K 信号传导和细胞周期的基因。”Dev Genes Evol.. 213. 284-290 (

Dehal, P et al.: "The draft genome of Ciona intestinalis : insights into chordate and vertebrate origins"Science. 298. 2157-2167 (2002)

Dehal, P 等人：“海鞘基因组草案：对脊索动物和脊椎动物起源的见解”《科学》。

Satou Y, Kawashima T, Kohara Y, Satoh N.: "Large scale EST analyses in Ciona intestinalis, Its application as Northern blot analyses"Dev Genes Evol.. 213. 314-318 (2003)

Satou Y、Kawashima T、Kohara Y、Satoh N.：“海鞘中的大规模 EST 分析，其作为 Northern 印迹分析的应用”Dev Genes Evol.. 213. 314-318 (2003)

Satou, Y., et al.: "cDNA Resource from the Basal Chordate Ciona intestinalis"Genesis. 33. 153-154 (2002)

Satou, Y., et al.：“来自肠海鞘基底脊索动物的 cDNA 资源”起源。

Lorkowski, Stefan, Cullen, Paul: "Analysing Gene Expression"Wiley-VCH. 954 (2002)

Lorkowski、Stefan、Cullen、Paul：“分析基因表达”Wiley-VCH。