CpGアイランドのメチル化を指標としたヒトインプリント遺伝子の網羅的単離

以CpG岛甲基化为指标全面分离人类印记基因

• 批准号: 13204093
• 负责人: 白石 昌彦
• 金额: $ 3.33万
• 依托单位: National Cancer Center Research Institute and Research Center for Innovative Oncology, National Cancer Center Hospital East
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13204093/
• 关键词: CpGアイランド; DNAメチル化; ゲノムインプリンティング; メチル化DNA結合カラム; 重亜硫酸修飾法

ヒト肺がんにおいてメチル化されているCpGアイランド由来のDNA断片をメチル化DNA結合カラムを用いて濃縮し、クローン化した。このライブラリーから、正常ヒト体細胞のDNAで片方のアレルがメチル化されているCpGアイランドを単離した。正常体細胞由来のDNAを制限酵素Tsp509Iで切断し、メチル化DNA結合カラムクロマトグラフィーにより非メチル化CpGアイランドに由来するDNA断片を含む低塩濃度分画、メチル化CpGアイランドに由来するDNA断片を含む高塩濃度分画に分けた。それぞれの画分から回収したDNAを鋳型とし、ライブラリーから単離された標的塩基配列に由来するプライマーを用いてPCRを行い、両分画にPCR産物が検出される塩基配列を約150個得た。このうち塩基配列上CpGアイランドの特徴を有するものが約40個存在し、この中には既知インプリント遺伝子であるNNAT遺伝子のCpGアイランドも含まれていた。既知遺伝子の5'領域に由来する配列に関し重亜硫酸修飾法を用いてさらに詳細にメチル化様式を解析したところ、NEUROD3遺伝子、TNFRSF12遺伝子などのCpGアイランドが片方のアレルがメチル化されていることが示唆された。これらの結果は、メチル化DNA結合カラムクロマトグラフィーにより、CpGアイランドのメチル化を指標としてヒトインプリント遺伝子の網羅的な単離が可能であることを示している。またこれらのうちTNFRSF12遺伝子を含むいくつかの遺伝子は、骨髄異形成症候群、関節リウマチの原因遺伝子座に位置し、インプリント異常が疾患の原因となっている可能性が示唆された。

The DNA fragments derived from CpG Ailander are used to condense and convert DNA into DNA. The DNA of normal somatic cells was isolated from the DNA of normal somatic cells. Normal somatic cell-derived DNA restriction enzyme Tsp509I was used to cleave and fragment DNA binding sites, and to isolate DNA fragments from non-CpG sites at low concentrations and DNA fragments from CpG sites at high concentrations. The PCR products were isolated from about 150 DNA samples. There are about 40 CpG deletion sites on the base sequence, and there are about 40 CpG deletion sites on the base sequence. It is known that the 5'domain of the gene is related to the allocation of heavy sulfuric acid modification method, and the detailed analysis of the cluster analysis formula, NEUROD3 gene, TNFRSF12 gene, CpG and CpG modification method. The results showed that the DNA binding activity of CpG and CpG was higher than that of DNA binding activity. TNFRSF12 gene contains the gene, bone formation syndrome, the cause of joint disease, the position of the gene, the possibility of abnormal disease, and the cause of disease.

项目成果

M.Shiraishi et al.: "Heterogeneity in the methylation status of genomic DNA fragments demonstrating similar elution profiles in methyl-CpG binding domain column chromatography"Proceedings of the Japan Academy. 77(B). 208-211 (2001)

M.Shiraishi 等人：“基因组 DNA 片段甲基化状态的异质性在甲基 CpG 结合域柱层析中表现出相似的洗脱特征”日本科学院院刊。

M. Shiraishi et al.: "A comprehensive catalog of CpG islands methylated in human adenocarcinomas of the lung for the identification of tumor suppressor genes"Oncogene. (印刷中).

M. Shiraishi 等人：“用于鉴定肿瘤抑制基因的人类肺腺癌中甲基化的 CpG 岛的综合目录”Oncogene（正在出版）。