新拡張アンサンブル法による蛋白質フォールディング機構の自由エネルギー解析
使用新的扩展系综方法进行蛋白质折叠机制的自由能分析
基本信息
- 批准号:13208036
- 负责人:
- 金额:$ 3.84万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
- 财政年份:2001
- 资助国家:日本
- 起止时间:2001 至 无数据
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究の目的は、ランダムコイル状態から天然状態への蛋白質フォールディング機構を物理化学的な観点から考察することである。そのため、溶媒効果を厳密に取り入れたポテンシャル関数を用い、さらに近年我々により開発された非常に効率のよい分子シミュレーションの手法(拡張アンサンブル法、例えばレプリカ交換分子動力学法など)を用いた。まず、我々はこれまで開発してきた様々な拡張アンサンブル法の効率に関する評価を行い、従来提案されてきたレプリカ交換法と比較して、我々の開発したレプリカ交換マルチカノニカル法やマルチカノニカルレプリカ交換法が非常に優れたサンプリング手法であることを示した。次に、この手法を用いて、溶媒を露に考慮した条件下で、5残基ペプチドであるMet-enkephalinや13残基のペプチドであるC-peptideに関する計算を行った。これにより、1)蛋白質折れ畳みに関する溶媒効果や2)αヘリックス形成機構に関する原子レベルでの詳細な解析を行った。
The purpose of this study is to investigate the physical and chemical properties of protein in its natural state. In recent years, we have developed a new method of molecular synthesis for the development of very high efficiency (e.g., molecular dynamics). In this case, we propose that the exchange method be compared with the development method and that the exchange method be very advantageous. In addition, the calculation of C-peptide for Met-enkephalin-13 residues was carried out under the conditions of solvent exposure and method application. 2) Detailed analysis of protein protein synthesis mechanism
项目成果
期刊论文数量(2)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Mitsutake, A.: "Generalized-Ensemble Algorithms for Molecular Simulations of Biopolymers"Biopolymers. 60. 96-123 (2001)
Mitsutake, A.:“生物聚合物分子模拟的广义集成算法”生物聚合物。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
杉田 有治: "拡張アンサンブル法によるタンパク質の折れ畳みシミュレーション"日本物理学会誌. 56. 591-599 (2001)
Yuji Sugita:“使用扩展集成方法进行蛋白质折叠模拟”日本物理学会杂志 56. 591-599 (2001)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
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